郑州大学生命科学学院_python_生物信息学：基础与临床医学应用指南

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生物信息学：基础与临床医学应用指南
《生物信息学：基础与临床医学应用指南》较为详尽地介绍了生物信息学在医学科研和临床应用中的最新信息及资料。全书分为上下两篇，，共十四章，通过大量的实例，系统介绍了生物信息学的一些基本知识，以及生物信息学在功能基因组学研究中的应用，这些内容对于医学科研的设计和实施将极具指导意义。
　　《生物信息学：基础与临床医学应用指南》对分子生物学以及信息学的一些名词给出了中英文对照和必要的解释，列出了一些常用的生物信息相关网站，更加方便了读者的使用。
　　《生物信息学：基础与临床医学应用指南》既可作为生物信息学课程的教材，也是一本实用性很强的生物信息学参考书。
上篇　生物信息学基础
第一章　生物信息学概述
1.1　生物信息学的定义和研究范畴
1.1.1　生物信息学的定义
1.1.2　生物信息学中的数据库与网络
1.1.3　生物信息学的主要研究范畴
1.2　生物信息学的建立与发展
1.3　医学生物信息学的发展与展望
1.3.1　医学生物信息学的主要研究内容
1.3.2　生物信息学的发展和展望

第二章　医学生物信息数据库
2.1　医学生物信息数据库简介
2.2　国外常用医学文献数据库
2.2.1　pubmed文献数据库
2.2.2　highwire press电子期刊数据库
2.3　国内常用生物医学文献检索数据库
2.3.1　万方数据资源系统
2.3.2　中国期刊网

第三章　核酸数据库的应用
3.1　常用的dna数据库及软件
3.1.1　genbank--ncbi核酸序列数据库
3.1.2　embl--欧洲核酸序列数据库
3.1.3　ddbj--日本dna数据库
3.2　常用的rna数据库及软件
3.2.1　transterm--mrna序列和翻译调控元件数据库
3.2.2　rdp-ii--核糖体数据库
3.2.3　rna二级结构预测
3.3　核酸同源性序列比对的策略和方法
3.3.1　数据库中的相似性搜索
3.3.2　blast简介
3.3.3　blast应用举例
3.4　新序列的提交

第四章　人类基因组变异数据库
4.1　snp数据库
4.1.1　dbsnp数据库
4.1.2　人类基因组变异数据库
4.2　突变数据库
4.3　基因标记物与微卫星数据库
4.4　观察snp和突变的工具
4.4.1　在基因组水平上观察snp和突变的工具
4.4.2　在基因水平上观察snp和突变的工具

第五章　蛋白质资源数据库
5.1　swiss-port蛋白序列数据库
5.1.1　swiss-port蛋白序列数据库区别于其他蛋白序列数据库的优点
5.1.2　swiss-prot数据库的结构与级别
5.1.3　序列条目的结构
5.1.4　不同的行类型
5.1.5　数据库的检索
5.2　astral--蛋白质结构和序列分析体系

第六章　生物芯片
6.1　概述
6.1.1　生物芯片简介
6.1.2　生物芯片分类
6.1.3　几种常见的生物芯片
6.2　基因芯片基本原理和基本流程
6.2.1　基因芯片的基本原理
6.2.2　基因芯片的基本流程
6.3　几种新型的芯片技术
6.4　生物芯片的应用
6.5　生物信息学中的新技术
附　基因芯片进行基因差异表达实际操作举例

第七章　疾病相关数据库
7.1　综合临床数据库
7.2　肿瘤相关数据库
7.2.1　cancer.gov--肿瘤网
7.2.2　oncolink
7.2.3　癌症基因组剖析计划（cgap）
7.2.4　中国癌症网
7.3　心血管疾病相关数据库
7.3.1　心血管疾病相关医学数据库（cardio）
7.3.2　中华心血管医学网
7.4　遗传性疾病数据库
7.5　感染性疾病数据库

第八章　生物信息学与药物设计
8.1　概述
8.2　生物信息学在药物设计中的优势
8.3　生物信息学在药物设计环节中的应用
8.3.1　初始阶段：事半功倍的效果
8.3.2　生物活性筛选阶段：提高筛选命中率
8.3.3　药物开发阶段：联系遗传信息与药物疗效的桥梁
8.4　药物设计过程中生物信息学应用流程
8.4.1　综合分子生物学方法
8.4.2　est数据库搜寻
8.4.3　结构生物学方法
8.5　生物信息学在药物设计中的其他应用
8.5.1　药物作用的机制
8.5.2　药物的药代动力学及毒理性质的研究
8.5.3　计算机辅助药物设计
8.6　后基因组时代药物研究的新进展和新趋势
附　药物设计实例

第九章　常用软件介绍
9.1　omiga介绍
9.2　antheprot介绍
9.3　macaw介绍
9.4　primer premier介绍
9.5　reference manager介绍
9.6　常用限制酶分析与质粒作图软件
9.6.1　gene construction kit 2.5
9.6.2　clone manager 7
9.7　rna二级结构预测及分析软件
9.7.1　rnadraw 1.1b
9.7.2　rna structure 3.2
9.8　序列综合分析软件

第十章　基因芯片微阵列数据分析
10.1　常用基因芯片及其数据简介
10.2　基因芯片数据处理与分析
10.3　基因芯片数据分析的基本策略与方法
10.4　基因微阵列数据分析中的常用软件
10.4.1　excel
10.4.2　sam
10.4.3　r及其在基因表达数据分析中的应用

下篇　生物信息学与功能基因组学互动平台
第十一章　生物信息学与基因组学技术
11.1　新基因分析的生物信息学策略
11.2　新基因的分离——cdna末端快速扩增技术
11.3　基因突变检测（分析）技术
11.4　mrna差异显示技术
11.5　比较基因组杂交技术
11.6　微阵列-比较基因组杂交技术
11.7　基因表达分析技术
11.8　snps、ests在研究新（未知）基因中的应用

第十二章　rna组学及常用研究技术
12.1　反义核酸技术
12.2　核酶技术
12.3　rna错折叠技术
12.4　rna干扰技术

第十三章　模式生物体研究
13.1　转基因动物
13.1.1　转基因动物概念
13.1.2　基本原理
13.1.3　嵌合体动物
13.1.4　转基因动物模型在医学研究中的应用
13.2　基因打靶技术
13.2.1　基因打靶技术的原理
13.2.2　基因打靶的操作要点
13.2.3　提高基因打靶效率的途径
13.2.4　基因打靶技术的应用
13.3　时空可调节性基因打靶技术与基因陷阱
13.3.1　时空可调节性基因打靶
13.3.2　基因陷阱
13.3.3　诱变技术在功能基因组学中的应用

第十四章　蛋白质组学技术
14.1　蛋白质组分离技术
14.1.1　二维聚丙烯酰胺凝胶电泳
14.1.2　高效液相色谱（hplc）
14.1.3　毛细管电泳及电色谱（ce／cec）
14.2　鉴定技术
14.2.1　质谱技术
14.2.2　图像分析技术
14..2.3　高流通量筛选（hts）
14.3　蛋白质芯片技术
14.4　酵母双杂交系统

附录　生物信息学及分子生物学术语

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