草莓应答炭疽菌侵染的转录组分析
发布时间：2021-08-29 17:44
本研究以栽培草莓为材料,用炭疽菌对植株进行侵染,对健康草莓和患病草莓进行转录组分析（RNA-seq）,共得到86 988个序列以及2 127个差异表达基因。利用GO数据库对差异表达基因进行了聚类分析,结果发现差异表达基因主要聚类在光合作用、氧化还原过程、氧化还原酶活性、碳固定过程以及糖代谢过程等方面。同时,利用KEGG数据库对差异表达基因影响的通路进行注释后发现,炭疽菌侵染主要影响了光合作用、倍半萜和三萜生物途径、类黄酮生物合成、谷胱甘肽代谢和植物激素信号转导等途径中关键基因的表达水平。挑选了20个差异表达基因进行qRT-PCR,结果有19个基因的表达趋势与转录测序结果一致。本研究获得的草莓应答炭疽菌侵染转录组数据信息,将有助于丰富草莓抗炭疽病的调控机制。
【文章来源】：植物保护. 2020,46(03)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
草莓叶柄被Colletotrichum gloeosporioides
对差异表达基因进行GO数据库分析,一共比对到了1 122个GO功能条目,筛选出p值小于0.01的68个条目进行后续分析。 这68个条目分为3大类功能,生物学过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function),每类功能分别包括26个、14个和10个功能亚组,图3展示了每类功能之下的10个功能亚分组。分析发现,感染炭疽菌的草莓叶柄的光合作用过程受到了极大的影响,这一结果和病症相对应。炭疽菌侵染到草莓叶柄处,逐渐积累到一定程度时会在叶柄外部出现红褐色病斑,严重影响正常的光合作用,进而草莓的很多生长代谢过程也会出现异常。分子功能中的氧化还原酶活性功能,还有生物学过程中的氧化还原过程都富集了大量的差异表达基因等,这二者都是植物抗逆反应中重要的环节[9],说明在草莓应答炭疽病的过程中,氧化还原反应很可能发挥了关键性的作用。
分析发现,感染炭疽菌的草莓叶柄的光合作用过程受到了极大的影响,这一结果和病症相对应。炭疽菌侵染到草莓叶柄处,逐渐积累到一定程度时会在叶柄外部出现红褐色病斑,严重影响正常的光合作用,进而草莓的很多生长代谢过程也会出现异常。分子功能中的氧化还原酶活性功能,还有生物学过程中的氧化还原过程都富集了大量的差异表达基因等,这二者都是植物抗逆反应中重要的环节[9],说明在草莓应答炭疽病的过程中,氧化还原反应很可能发挥了关键性的作用。2.5 差异表达基因的 Pathway 富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]柱花草苯丙氨酸解氨酶（SgPALs）对生物胁迫与非生物胁迫的响应[J]. 郭鹏飞,雷健,罗佳佳,刘攀道,虞道耿,罗丽娟. 热带作物学报. 2019(09)
[2]干旱胁迫下植物体内活性氧的作用机制[J]. 王福祥,肖开转,姜身飞,曲梦宇,连玲,何炜,陈丽萍,谢华安,张建福. 科学通报. 2019(17)
[3]水分胁迫对春大豆叶片保护酶活性及相对电导率的影响[J]. 王文佳,李爽,马泽众,马玉玲,刘丽君,董守坤. 中国农学通报. 2019(11)
[4]基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响[J]. 梁国平,李文芳,马宗桓,左存武,褚明宇,马丽娟,何红红,万鹏,陈佰鸿,毛娟. 园艺学报. 2019(01)
[5]基于高光谱的晚疫病胁迫下马铃薯叶片的过氧化物酶活性检测[J]. 胡耀华,李清宇,唐翊. 江苏大学学报(自然科学版). 2018(06)
[6]杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析[J]. 张欢,杨英杰,李鼎立,宋健坤,马春晖,王然. 园艺学报. 2018(10)
[7]淡紫拟青霉QLP12对感染灰霉病后番茄植株的促生作用及抗病相关酶活性变化[J]. 张菁,连清贵,陈婧,马青,王阳. 植物保护学报. 2018(05)
[8]PEG模拟干旱胁迫下野生大豆转录组分析[J]. 张小芳,王冰冰,徐燕,张炜坤,赵恢,张锴,乔亚科,李桂兰. 大豆科学. 2018(05)
[9]防治草莓炭疽病的芽胞杆菌组合的筛选[J]. 陈哲,黄静,赵佳,梁宏. 中国生物防治学报. 2018(04)
[10]碱胁迫下H2S参与活性氧代谢和水稻幼苗生长的调控[J]. 祝一文,车永梅,赵方贵,朱丹,刘新. 农业生物技术学报. 2018(07)
博士论文
[1]花生应答果腐病病原菌侵染的转录组和miRNAs研究及抗性相关基因克隆[D]. 王冕.山东农业大学 2018
硕士论文
[1]轮纹病致病菌Botryosphaeria dothidea侵染对苹果抗性反应、乙烯合成和相关基因表达的影响[D]. 耿夙.山东农业大学 2016
本文编号：3371098
【文章来源】：植物保护. 2020,46(03)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
草莓叶柄被Colletotrichum gloeosporioides
对差异表达基因进行GO数据库分析,一共比对到了1 122个GO功能条目,筛选出p值小于0.01的68个条目进行后续分析。 这68个条目分为3大类功能,生物学过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function),每类功能分别包括26个、14个和10个功能亚组,图3展示了每类功能之下的10个功能亚分组。分析发现,感染炭疽菌的草莓叶柄的光合作用过程受到了极大的影响,这一结果和病症相对应。炭疽菌侵染到草莓叶柄处,逐渐积累到一定程度时会在叶柄外部出现红褐色病斑,严重影响正常的光合作用,进而草莓的很多生长代谢过程也会出现异常。分子功能中的氧化还原酶活性功能,还有生物学过程中的氧化还原过程都富集了大量的差异表达基因等,这二者都是植物抗逆反应中重要的环节[9],说明在草莓应答炭疽病的过程中,氧化还原反应很可能发挥了关键性的作用。
分析发现,感染炭疽菌的草莓叶柄的光合作用过程受到了极大的影响,这一结果和病症相对应。炭疽菌侵染到草莓叶柄处,逐渐积累到一定程度时会在叶柄外部出现红褐色病斑,严重影响正常的光合作用,进而草莓的很多生长代谢过程也会出现异常。分子功能中的氧化还原酶活性功能,还有生物学过程中的氧化还原过程都富集了大量的差异表达基因等,这二者都是植物抗逆反应中重要的环节[9],说明在草莓应答炭疽病的过程中,氧化还原反应很可能发挥了关键性的作用。2.5 差异表达基因的 Pathway 富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]柱花草苯丙氨酸解氨酶（SgPALs）对生物胁迫与非生物胁迫的响应[J]. 郭鹏飞,雷健,罗佳佳,刘攀道,虞道耿,罗丽娟. 热带作物学报. 2019(09)
[2]干旱胁迫下植物体内活性氧的作用机制[J]. 王福祥,肖开转,姜身飞,曲梦宇,连玲,何炜,陈丽萍,谢华安,张建福. 科学通报. 2019(17)
[3]水分胁迫对春大豆叶片保护酶活性及相对电导率的影响[J]. 王文佳,李爽,马泽众,马玉玲,刘丽君,董守坤. 中国农学通报. 2019(11)
[4]基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响[J]. 梁国平,李文芳,马宗桓,左存武,褚明宇,马丽娟,何红红,万鹏,陈佰鸿,毛娟. 园艺学报. 2019(01)
[5]基于高光谱的晚疫病胁迫下马铃薯叶片的过氧化物酶活性检测[J]. 胡耀华,李清宇,唐翊. 江苏大学学报(自然科学版). 2018(06)
[6]杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析[J]. 张欢,杨英杰,李鼎立,宋健坤,马春晖,王然. 园艺学报. 2018(10)
[7]淡紫拟青霉QLP12对感染灰霉病后番茄植株的促生作用及抗病相关酶活性变化[J]. 张菁,连清贵,陈婧,马青,王阳. 植物保护学报. 2018(05)
[8]PEG模拟干旱胁迫下野生大豆转录组分析[J]. 张小芳,王冰冰,徐燕,张炜坤,赵恢,张锴,乔亚科,李桂兰. 大豆科学. 2018(05)
[9]防治草莓炭疽病的芽胞杆菌组合的筛选[J]. 陈哲,黄静,赵佳,梁宏. 中国生物防治学报. 2018(04)
[10]碱胁迫下H2S参与活性氧代谢和水稻幼苗生长的调控[J]. 祝一文,车永梅,赵方贵,朱丹,刘新. 农业生物技术学报. 2018(07)
博士论文
[1]花生应答果腐病病原菌侵染的转录组和miRNAs研究及抗性相关基因克隆[D]. 王冕.山东农业大学 2018
硕士论文
[1]轮纹病致病菌Botryosphaeria dothidea侵染对苹果抗性反应、乙烯合成和相关基因表达的影响[D]. 耿夙.山东农业大学 2016
本文编号：3371098
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