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大学从事博士后研究工作。1988年回国，同年晋升为教授。1993年聘为博士生导师。龚晓南教授在复合地基和地基处理理论及工程实践，以及地基处理技术的普及推广、基坑围护设计、基础工程施工环境效应及对策、土木工程教育和人才培养等方面作出了突出的贡献，2002年获茅以升土力学及基础工程大奖。 1992年出版了国内外第一部复合地基专著《复合地基》,首次提出广义复合地基理论框架。2002年出版《复合地基理论及工程应用》，完善了广义复合地基理论体系。自1991年起将研究成果应用于多项工程。在广义复合地基方面取得的创新成果已被业界广泛引用。《广义复合地基理论及工程应用》项目2003年通过鉴定，总体研究成果处于国际领先水平。参加一系列软土地基处理工程的咨询与设计工作。1984年参加组织编写《地基处理手册》，1990年创办《地基处理》刊物， 2000年主编《地基处理手册》第二版，2004年主编《地基处理技术发展与展望》，长期主持中国土木工程学会土力学及岩土工程分会地基处理学术委员会工作。主编《深基坑工程设计施工手册》（1998），主持多项深、大基坑工程设计。在《深埋重力—门架式围护结构性状研究与应用》和《软土地基基坑工程环境效应和控制方法》等领域的研究成果提高了我国基坑工程设计水平。主持中国建筑学会建筑施工学术委员会基坑工程专业委员会工作。作为浙江大学分项目负责人主持国家自然科学基金重点项目《受施工扰动影的土体环境稳定理论和控制方法》研究工作。该项目获2003年教育部科技进步一等奖。主持解决各地多项工程因基础工程施工造成的环境影响问题。长期从事软粘土地基性状研究，将本构理论、滑移线场理论和极限分析法在土工中的应用融为一体，编著《土塑性力学》, 促进了塑性理论在土工中的应用。著《高等土力学》、主编《土工计算机分析》。主持多项工程的加固和纠倾工作。自1984年相继开设了高等土力学、土塑性力学、工程材料本构方程、计算土力学、地基处理技术和广义复合地基理论等研究生课程，相继出版的教材得到广泛好评。已指导硕士58名，，博士58名。发表刊物论文和专题报告等300余篇，出版著作26部。