五种抗生素对青海弧菌荧光素酶的结合模式和QSAR研究

发布时间：2024-06-08 03:34

　　近年来在医疗行业、农业及畜牧养殖业大量投入使用的抗生素(antibiotics)长期混合暴露于环境中将会对水生环境带来污染最终威胁到人类的健康,它们种类繁多且混合时相互作用机理复杂,通过实验难以对其毒性进行预测和评价。本文旨在采用计算机模拟技术研究恩诺沙星(enrofloxacin,ENR)、盐酸金霉素(chlortetracycline,CTC)、甲氧苄啶(trimethoprim,TMP)、氯霉素(chloramphenicol,CMP)和红霉素(erythromycin,ETM)五种抗生素的单一及二元混合物对青海弧菌(Vibrio vulnificus,Q67)的毒性作用机理和生态风险评估。(1)以同源建模技术建立Q67荧光素酶的三维晶体结构,通过分子动力学模拟优化后α、β亚基拉氏图中处于允许区域的氨基酸为100%,Verify-3D氨基酸评分高于0.2的占比分别为91.48%和91.98%。(2)通过分子对接和分子动力学研究配体-受体的结合模式,范德华力为五个复合物体系的结合自由能提供了最主要的贡献,因此抗生素与荧光素酶结合的主导因素是形状补偿;分子结构中处于活性口袋区域外的二...

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.1技术路线图

桂林理工大学硕士毕业论文81.5.3技术路线图1.1技术路线图1.5.4创新点（1）结合分子对接与分子动力学模拟研究抗生素与Q67荧光素酶的结合模式，通过结合自由能分解比较分析五个抗生素的活性位点与关键残基贡献揭示其毒性差异。（2）建立五种抗生素二元混合物不同毒性状态（暴露时间和....

图3.1模板蛋白晶体结构

乳酸菌噬菌体阻遏蛋白（6TRI）突触球菌双磷酸羧化酶（1RBL）

图3.25TCL、3FGC-A链、1RBL-A链与目标蛋白α链的序列对比及结构预测

桂林理工大学硕士毕业论文20图3.25TCL、3FGC-A链、1RBL-A链与目标蛋白α链的序列对比及结构预测3.2.4分子动力学优化结果Modeller9.23软件的PDF函数和POPE程序得到的虽然是打分最优构象，但是所有目标蛋白结构都是基于与模板蛋白的相似性预测得到的，在建....

图3.4α亚基与β亚基在45ns平衡模拟中的RMSD

桂林理工大学硕士毕业论文21子动力学模拟，本研究运用GROMACS5.1.4的“AMBER-ILDN99”力场作为蛋白质结构的优化力场，经过20000步最陡下降法使其结构达到能量最小化，系综平衡使其在100ps内温度到达300K，在下个100ps内压力达到一个标准大气压，使得体系....

本文编号：3991392