基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建

发布时间：2017-10-13 04:23

  本文关键词：基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建

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【摘要】：在127 065条血凝素、神经氨酸酶流感病毒蛋白基础上,提出基于粗粒化的病毒蛋白进化树的构建方法.首先基于病毒蛋白序列特征,给出序列间相似性度量,提取流感病毒系统层次递阶结构,并定义层次聚类指标,确定最佳聚类数.然后基于距离中心最近的原则提取流感病毒系统代表.最后采用距离度量构造流感病毒进化树.实验表明,相同流感病毒具有宿主相同、时间跨度较小、爆发地点相近,更倾向于处于相同分支的特点,这与已有的文献吻合,因此该方法有利于挖掘病毒变异轨迹.
【作者单位】： 江南大学理学院;
【关键词】： 流感病毒 进化树 粗粒化 结构聚类 大数据处理
【基金】：国家自然科学基金项目(No.11371174) 国际科技合作研究项目(No.2011DFR70500)资助~~
【分类号】：R373;Q811.4
【正文快照】： Supported by National Natural Science Foundation of China(No.11371174),International Science and Technology CooperationProgram of China(No.2011DFR70500)LI Yang,TANG Xuqing(School of Science,Jiangnan University,Wuxi 214122)Citation LI Y,TANG X Q.Construct，

本文编号：1022808