人类K562细胞系中组蛋白修饰的调控分析
本文关键词：人类K562细胞系中组蛋白修饰的调控分析 出处：《内蒙古大学学报(自然科学版)》2017年06期 论文类型：期刊论文
【摘要】：利用10种组蛋白修饰和1种组蛋白变体的ChIP-seq数据,统计了K562细胞系和GM12878细胞系中11种组蛋白修饰在癌基因启动子区域的分布.比较了两个细胞系中致癌基因和抑癌基因启动子区域的组蛋白修饰分布密度,并计算了11种组蛋白修饰与基因表达的相关性,分别在致癌基因和抑癌基因中构建了组蛋白修饰和基因表达的多元线性回归方程,从而发现K562细胞系中癌症发生过程中组蛋白修饰的调控特征.最后对K562细胞系中超级增强子调控的致癌基因和抑癌基因进行GO功能分析,研究这些基因的生物学功能,进一步找出K562细胞系中癌症发生的5个关键基因GATA1、GATA2、H3F3B、LYL1和SH_2B3.
[Abstract]:The ChIP-seq data of 10 histone modifications and 1 histone variant were used. The distribution of 11 histone modifications in oncogene promoter region of K562 cell line and GM12878 cell line was analyzed. The histone of oncogene and suppressor gene promoter was compared between the two cell lines. Modified distribution density. The correlation between histone modification and gene expression was calculated. The multivariate linear regression equations of histone modification and gene expression were constructed in oncogene and tumor suppressor gene respectively. Finally, the oncogenes and tumor suppressor genes regulated by super enhancer in K562 cell line were analyzed by go. By studying the biological function of these genes, five key genes of carcinogenesis in K562 cell line, GATA1, GATA2H3F3BNLYL1 and SH2B3, were further identified.
【作者单位】： 内蒙古大学物理科学与技术学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(31460234,11647310)
【分类号】：R3416
【正文快照】： 组蛋白修饰是表观遗传学中的重要内容之一,组蛋白修饰受到多种共价修饰,包括甲基化和乙酰化,它们主要发生在N的末端,并且它们能够影响基因的转录[1].组蛋白修饰主要包括分化、发育和癌症两个研究领域.而癌症是一种多因素控制的复杂性疾病,它的发生不仅受到基因突变的影响,还受
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，本文编号：1375024
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