寨卡病毒全基因组进化及变异情况分析

发布时间：2018-05-03 10:41

  本文选题：寨卡病毒 + 全基因组　； 参考：《现代预防医学》2017年12期

【摘要】：目的通过构建寨卡病毒基因进化树以及比较氨基酸序列差异,了解寨卡病毒进化及基因变异情况。方法从GenBank获取1947年后各来源、各地区的寨卡病毒全基因组序列以及氨基酸序列,构建进化树并对氨基酸序列进行比较与分析。结果寨卡病毒非洲型与亚洲型毒株可各自聚类,2007年之后分离的毒株均为亚洲型;2016年分离自中国的14株寨卡病毒均为亚洲型,同源性高达99.1%~100.0%,氨基酸变异位点11个。结论寨卡病毒的分子进化与地理分布有密切的关系;2015-2016年分离的毒株同源性较高,序列较为保守;中国的14株毒株序列相近,其中1118、1875、2445以及2634 4个氨基酸位点可能对各自蛋白的结构和功能有较大的影响。
[Abstract]:Objective to study the evolution and genetic variation of Zika virus by constructing an evolutionary tree of Zika virus gene and comparing amino acid sequence differences. Methods the whole genome and amino acid sequences of Zika virus from different sources and regions were obtained from GenBank after 1947. The phylogenetic tree was constructed and the amino acid sequences were compared and analyzed. Results both African and Asian strains of Zika virus could be clustered separately, and all the strains isolated after 2007 were of Asian type, and 14 strains of Zika virus isolated from China in 2016 were all of Asian type, with the homology of 99.1 and 100.0, and 11 amino acid mutation sites. Conclusion there is a close relationship between molecular evolution and geographical distribution of Zika virus. The isolates isolated from 2015-2016 have high homology and conservative sequence, and 14 strains of Zika virus have similar sequences in China. Among them, 1118, 1875, 2445 and 2634 amino acid sites may have a great effect on the structure and function of their proteins.
【作者单位】： 南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室;
【基金】：广东省科技计划项目(20170212) 广州市新发病毒防治药物研究重点实验室项目(201605030010)
【分类号】：R373

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本文编号：1838175