鲍曼不动杆菌LpxC的同源模建及分子对接

发布时间：2018-05-17 17:08

  本文选题：鲍曼不动杆菌 + LpxC　； 参考：《分子科学学报》2017年01期

【摘要】：鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模建方法获得鲍曼不动杆菌LpxC结构模型.较好的Ramachandran plot分布和Profile-3D结果验证了模型的合理性.用分子动力学模拟优化鲍曼不动杆菌LpxC模型,修补部分不合理构象.后续分子对接结果显示S构型的苄氧乙酰基羟肟酸类抑制剂比R构型分子能更有效地结合在F191,H237和K238组成的较浅口袋中,这可能是S构型抑制剂活性更高的主要因素,模拟结果与实验数据吻合较好.
[Abstract]:Acinetobacter baumannii (Acinetobacter baumannii) has become the most common pathogenic bacteria in hospitals, and the drug resistance of Acinetobacter baumannii. LpxC as a new antimicrobial target has been extensively studied. However, the LpxC crystal of Acinetobacter baumannii has not been obtained, and the drug design based on its structure can not be carried out. The LpxC structural model of Acinetobacter baumannii was obtained by homologous modeling using LpxC crystal structure of Pseudomonas aeruginosa as template. Good Ramachandran plot distribution and Profile-3D results verify the rationality of the model. The LpxC model of Acinetobacter baumannii was optimized by molecular dynamics simulation to repair some unreasonable conformation. The results of subsequent molecular docking showed that the S-type benzoxyacetyl hydroxamic acid inhibitors could bind more effectively to the shallow pockets of F191 H237 and K238 than R configuration molecules, which may be the main reason for the higher activity of S-configuration inhibitors. The simulation results are in good agreement with the experimental data.
【作者单位】： 成都大学四川抗菌素工业研究所药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;乐山师范学院化学学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(11247018) 四川省教育厅科研重点资助项目(12ZA066) 乐山市科技计划项目(14SZD018)
【分类号】：R378

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本文编号：1902176