SNaPshot方法构建20个X-SNPs复合分型体系及河北汉族人群遗传学调查

发布时间：2018-06-22 17:30

  本文选题：X染色体 + 单核苷酸多态性　； 参考：《河北医科大学》2012年硕士论文

【摘要】：目的：X染色体遗传标记因具有独特的遗传方式，在解决特殊案件方面具有其他遗传标记无法比拟的优势，是常染色体遗传标记的重要补充。单核甘酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)是人类基因组特定部位单个碱基序列的变异，具有含量丰富、突变率低、易于开展高通量自动化研究等优点。同时，，由于扩增片段短，SNP遗传标记尤其适合降解检材分析。SNP分析技术多种多样，其中基于单碱基延伸技术的SNaPshot方法一次可以检测数十个SNP位点，检测的位点通量高，灵敏度高，适合于法医学应用。目前，X染色体SNP在法医学的研究与应用尚不成熟。本研究旨在寻找一组多态性好的X-SNPs位点，利用SNaPshot方法构建荧光标记复合分型体系，对河北汉族人群进行群体遗传学调查，并对该复合分型体系的法医学应用价值进行评价。 方法： 1、基因座的选择：利用Hapmap网站的数据，筛选出X染色体上均衡分布的20个多态性好的X-SNPs位点。 2、引物设计：根据http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/公布的参考序列，应用引物设计软件Primer Premier5.0和oligo6.0设计PCR引物和单碱基延伸引物。 3、复合分型体系的构建：对20个X-SNPs进行PCR复合扩增，产物经核酸外切酶和虾碱性磷酸酶纯化，去除单链引物和dNTP后，应用SNaPshot试剂盒进行单碱基延伸反应，再经虾碱性磷酸酶纯化去除ddNTP，应用ABI3130基因分析仪进行检测，Data Collection V3.0软件收集数据，Genemapper V3.2软件分析结果。优化引物浓度比例、Mg2+和dNTP浓度以及退火温度、循环次数等因素，使各位点检测产物量尽可能均衡。 4、群体遗传学调查和法医学应用研究：利用构建的复合分型体系对217例（女112例，男105例）河北汉族健康无关个体进行群体遗传学调查，计算法医遗传学参数和进行连锁不平衡检验；评价体系的灵敏度、种属特异性和组织同一性；评价其在亲权鉴定和腐败降解检材分析中的应用价值。 结果： 1、设计了20个X-SNPs位点的PCR引物和单碱基延伸引物。PCR扩增产物长度在61-99bp之间，单碱基延伸引物长度在20-68bp之间。 2、通过优化PCR反应体系的各种条件和电泳分型的各种参数，成功构建了20个位点的复合分型体系，各基因座间峰型均衡。 3、获得了我国河北地区217例汉族健康无关个体20个X-SNPs位点的分型数据。抽样人群女性基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。105例男性个体单条X染色体单体型各不相同。各位点男女等位基因频率无显著性差异，合并男女数据进行总群体等位基因频率统计：各位点最小等位基因频率均大于0.3，且75%的位点大于0.4，显示出各位点在河北汉族人群中的等位基因分布比较均匀；20个位点的平均杂合度为0.486，平均多态性信息含量为0.367，女性群体的平均个人识别能力为0.617，男性群体的平均个人识别能力为0.486，三联体平均非父排除概率为0.367，二联体平均非父排除概率为0.243。连锁不平衡分析结果显示，对20个位点进行两两比较，

本文编号：2053592