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长链非编码RNA在脂多糖刺激的大鼠肠巨噬细胞中的差异表达

发布时间:2018-07-27 11:45
【摘要】:目的:探讨脂多糖(LPS)诱导的肠巨噬细胞炎症反应与长链非编码RNA(lncRNA)表达的关系。方法:分离培养大鼠肠巨噬细胞,用lncRNA表达谱芯片技术检测LPS处理的大鼠肠巨噬细胞(实验组)和无处理的大鼠肠巨噬细胞(对照组)之间差异表达的lncRNA,并用分层聚类的方法分析了基因芯片数据;构建差异表达的lncRNA-mRNA共表达网络,利用GO分析和通路分析预测其生物学功能;最后用RT-qPCR对部分差异表达的lncRNA进行验证。结果:与对照组比较,实验组共检测出357个差异表达的lncRNA(差异表达倍数1.5),其中上调的有245个,下调的有112个。GO分析和通路分析显示差异表达的lncRNA参与多种生物过程,包括炎症反应,免疫应答和细胞凋亡,其中lncRNA NONMMUT024673、NONMMUT047081在网络中可能起重要作用。RT-qPCR验证NONMMUT024673、NONMMUT047081的表达,结果与基因芯片数据一致。结论:LPS可诱导大鼠肠巨噬细胞lncRNA表达改变,这些差异表达的lncRNA可能参与调控LPS诱导的肠巨噬细胞的炎症反应。
[Abstract]:Aim: to investigate the relationship between the inflammatory response of intestinal macrophages induced by lipopolysaccharide (LPS) and the expression of long chain non-coding RNA (lncRNA). Methods: rat intestinal macrophages were isolated and cultured. LncRNA microarray technique was used to detect the differentially expressed LNcRNAs between LPS treated rat intestinal macrophages (experimental group) and untreated rat intestinal macrophages (control group). The co-expression network of differentially expressed lncRNA-mRNA was constructed, and its biological function was predicted by go analysis and pathway analysis. Finally, partial differentially expressed lncRNA was verified by RT-qPCR. Results: compared with the control group, 357 differentially expressed lncRNA (differential expression multiple 1.5) were detected in the experimental group, including 245 up-regulated, 112 .GO and pathway analysis showed that the differentially expressed lncRNA were involved in a variety of biological processes. Including inflammatory response, immune response and apoptosis, the expression of NONMMUT024673, NONMMUT047081 may play an important role in the network. RT-qPCR was used to verify the expression of NONMMUT024673 and NONMMUT047081. The results were consistent with the gene chip data. Conclusion lncRNA expression in rat intestinal macrophages can be induced by lncRNA. These differentially expressed lncRNA may be involved in regulating the inflammatory response of intestinal macrophages induced by LPS.
【作者单位】: 江苏大学附属医院普通外科;
【基金】:国家自然科学基金资助项目(81070287)
【分类号】:R392

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本文编号:2147720

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