鼠疫菌基因组差异编码序列的筛选研究

发布时间：2018-07-29 13:37

【摘要】：目的对喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型已测序鼠疫耶尔森菌株的全基因组编码序列进行比对,寻找青藏高原型鼠疫菌中存在的差异编码序列。方法应用BLAST软件、Perl编程及Excel软件等,对青藏高原型全基因测序鼠疫耶尔森菌株与测序鼠疫菌"默认编码序列数据库"进行编码序列比对和统计分析。结果初步比对喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌编码序列有418个差异编码序列,其与鼠疫菌"默认编码序列数据库"中存在差异的编码序列有135个,最终确定在鼠疫菌全基因组数据库中真实有差异的编码序列共86个。结论喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌编码序列存在差异,真实有差异的编码序列是鼠疫菌存在差异的编码序列集合,为研究青藏高原型鼠疫菌的遗传特征提供了资料信息。
[Abstract]:Objective to compare the whole genome coding sequences of two Yersinia pestis strains of Qinghai-Xizang plateau type in the plague foci of Marmota Himalayana, and to find the differential coding sequence of Yersinia pestis in Qinghai-Xizang Plateau. Methods using BLAST and Excel software, the sequence alignment and statistical analysis of Yersinia pestis and Yersinia pestis "default coding sequence database" were carried out. Results there were 418 differential coding sequences of 2 strains of Yersinia pestis in plague foci of Marmota Himalayana, and 135 of them were different from those of Yersinia pestis in "default coding sequence Database". In the whole genome database of Yersinia pestis, 86 coding sequences were identified. Conclusion the coding sequences of two Yersinia pestis strains in the plague foci of Marmota Himalayan are different, and the actual coding sequences are the sets of Yersinia pestis. It provides information for studying the genetic characteristics of Yersinia pestis in Qinghai-Tibet Plateau.
【作者单位】： 青海省地方病预防控制所青海省鼠疫防控与研究重点实验室;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室;
【基金】：青海省自然科学基金项目(No.2013-Z-906) 青海省医药卫生科技项目指导性计划课题(No.2016-wjzdx-38)
【分类号】：R378.61

【参考文献】

相关期刊论文 前3条

1 何建;靳娟;张青雯;赵海红;辛有全;杨晓艳;戴瑞霞;王梅;金泳;蒲光兰;冯建萍;祁芝珍;;一株鼠毒素基因缺失突变鼠疫耶尔森氏菌株的构建和鉴定[J];中国病原生物学杂志;2016年06期

2 吴海莲;赵海红;张青雯;辛有全;徐小青;金泳;李存香;冯建萍;祁芝珍;;鼠疫耶尔森氏菌噬菌体耐受株的选育及稳定性评价[J];中国病原生物学杂志;2015年07期

3 张恩民;王琪;申小娜;陈晨;俞东征;海荣;;鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究[J];疾病监测;2010年06期

【共引文献】

相关期刊论文 前3条

1 肖丽生;祁芝珍;吕瑞辰;宋凯;陈荣;王敏;吴海莲;赵海红;宋亚军;;鼠疫耶尔森菌基因组无痕修饰方法的建立[J];军事医学;2017年03期

2 王梅;唐新元;粱莹;张志凯;张恩民;申小娜;赵忠智;俞东征;海荣;;鼠疫菌基因组差异编码序列的筛选研究[J];中国病原生物学杂志;2017年02期

3 何建;魏柏青;祁美英;辛有全;熊浩明;杨晓艳;靳娟;金泳;李翔;代瑞霞;;青海省格尔木市鼠疫病原学及流行病学特征分析[J];中国病原生物学杂志;2016年01期

【二级参考文献】

相关期刊论文 前10条

1 代瑞霞;魏柏青;李存香;熊浩明;杨晓艳;范微;祁美英;靳娟;魏荣杰;冯建萍;金星;王祖郧;;青海高原鼠疫病原生态学研究[J];中华预防医学杂志;2013年12期

2 魏荣杰;郑谊;赵小龙;罗军;魏绍振;岳春录;赵忠智;金丽霞;熊浩明;张珊瑚;;兴海县重大鼠疫疫情灾害后宿主动物及其体表寄生蚤生态流行病学调查[J];中国病原生物学杂志;2013年10期

3 熊浩明;杨晓艳;李存香;祁美英;代瑞霞;魏荣杰;辛有全;赵海红;冯建萍;金星;张珊瑚;魏柏青;;2003～2012年青海省鼠疫病原学及流行病学特征分析[J];中国病原生物学杂志;2013年09期

4 刘丽;汪巨峰;李波;;鼠疫疫苗的研究现状和进展[J];中国药学杂志;2013年12期

5 马学平;冯顺;秦迎旭;高建炜;田涛;;双重PCR和RAPD技术在宁夏鼠疫菌鉴定中的应用研究[J];中国病原生物学杂志;2011年07期

6 魏荣杰;;青海鼠疫病例感染特点分析及防控策略探讨[J];中华预防医学杂志;2011年06期

7 古文鹏;景怀琦;;耶尔森菌致病机理研究[J];中国人兽共患病学报;2010年09期

8 李继连;杜国义;史献明;宋东霞;;鼠疫耶尔森菌在自然疫源地保存机制的研究进展[J];中国媒介生物学及控制杂志;2010年04期

9 俞东征;海荣;丛显斌;范蒙光;史献明;姚呈祥;曹汉礼;王祖郧;宋志忠;王健;孟凤霞;鲁亮;夏连续;朱晓宇;;鼠疫防控领域中最紧迫的10个研究方向[J];疾病监测;2008年03期

10 杨华源,潘珠,张曼碧,梁秋光;鼠疫菌EV_(76)突变株的生物学特性研究[J];中国地方病防治杂志;2005年02期

【相似文献】

相关期刊论文 前7条

1 殷慎敏,时晓冰,李令媛,茹炳根;小鼠金属硫蛋白 Ⅰ cDNA编码序列的克隆及其在昆虫细胞中的表达[J];生物化学杂志;1997年04期

2 雷虹,洪扬,张玉瑛,申同健;地衣芽孢杆菌2709碱性蛋白酶编码序列的PCR扩增、克隆及序列测定[J];生物化学杂志;1993年04期

3 朱蔚,郑佐华,袁有忠,周宗祥,毛裕民;编码序列的(G+C)%与蛋白质的耐热性相关性分析[J];遗传学报;1999年04期

4 姜南艳,于文彬,苏明权,李斌,郝晓柯,李立文;HMGB1B盒编码序列的克隆和大肠杆菌表达[J];第四军医大学学报;2005年03期

5 水波,池莉,张永容,何伏秋,蔡有余;恒河猴Fas基因的克隆[J];中国实验动物学报;2000年04期

6 赵晓瑜,刘建荣,静天玉,王会文,王彦芳,王锡民;人R_O蛋白(60kD)编码序列的PCR产物在E.coli中的克隆与表达[J];中国生物化学与分子生物学报;2000年01期

7 ;[J];;年期

相关硕士学位论文 前8条

1 张冲;猪伪狂犬病毒糖蛋白B细胞表位编码序列的克隆及融合表达[D];河南科技大学;2015年

2 冯立芹;生物基因组中蛋白质编码序列的长度分布模型与基因组进化的研究[D];内蒙古大学;2003年

3 杨林源;基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较[D];内蒙古大学;2011年

4 李树伟;猪肌生成抑制素成熟蛋白编码序列的克隆与真核表达[D];中国人民解放军军需大学;2002年

5 刘天龙;DNA编码序列检测的优化算法设计[D];天津大学;2012年

6 徐涛;盐穗木miR417编码序列的克隆及遗传转化研究[D];新疆大学;2009年

7 宋婧文;Macrolactin生物合成基因簇序列与功能分析[D];第二军医大学;2013年

8 王芳平;几种模式生物密码对的使用和基因组进化[D];内蒙古大学;2005年

，

本文编号：2152844