柯萨奇病毒B5基因组进化存在结构蛋白编码区VP4的重组

发布时间：2020-11-17 20:45

　　 目的重组是肠道病毒进化的重要机制,大多数重组事件发生在包括P2和P3的肠道病毒的非编码区中,但是在埃可病毒30株中首次发现了作为蛋白质编码区的VP4区域中的重组,本研究旨在探讨柯萨奇病毒B5(CVB5)中是否存在类似的重组事件。方法从GenBank中检索CVB5的核苷酸序列,分别在5′UTR和VP1区域中进行系统发育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因组用于检测重组并使用序列相似性作图(Similarity plot)来分析重组体。结果 5′UTR和VP1系统发育树显示5′UTR和VP1之间有4个病毒株位于不同簇中,表明这些病毒株中存在重组事件。Similarity plot分析表明,CVB5AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2区域存在交叉,序列分析证明VP4区域存在重组位点。结论 CVB5在VP4区域具有重组事件,表明结构蛋白编码区亦可作为CVB5重组的候选基因位点。
【部分图文】：

进一步聚类成１６个谱系（ａ至ｐ）。每个谱系包含１个或多个病毒分离株，并用相同形状和颜色的相同符号标记。第１组仅包含１个谱系作为ａ；第２组包含８个谱系，包括ｂ至ｉ；其他谱系包括ｊ至ｐ构成第３组。几乎所有来自亚洲地区的病毒分离株（除了病毒分离株ＫＰ２３３８３０和病毒分离株ＫＴ２８５０１８）聚集在第２组中，而来自欧洲、美洲和澳大利亚地区的大多数病毒分离株聚集到第３组。大多数具有相似分离时间的病毒分离株聚集成相同的谱系。基于ＶＰ１的系统发育树见图１。图１ＣＶＢ５ＶＰ１区的系统发育分析树２．２５′ＵＴＲ进化分析用于ＶＰ１系统发育分析的相同病毒分离株同时用于５′ＵＴＲ区域分析，见图２。树被标记为与ＶＰ１树中的谱系一致。该树可分为２个分支，４个病毒分离株包括ＡＹ８７５６９２、ＭＧ８４５８９２、ＫＦ３１１７４３和ＭＧ８４５８９１，改变了谱系分布。谱系ａ和·８１８２·国际检验医学杂志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３

酸序列之间的比较显示可能的重组基因座是８０３ｎｔ和８０４ｎｔ，见图４。ＪＸ９７６７７２．１／Ｓｈａｎｄｏｎｇ／２０１０和ＫＴ２８５０００．１／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／１９７２的两个病毒分离株匹配部分５′ＵＴＲ和５′ｅｎｄＶＰ２核苷酸序列，相似性分别是９３％（Ｅ值：４ｅ－４０）和９２％（Ｅ值：３ｅ－５２），见图５。这３个核苷酸序列之间的比较显示可能的重组基因座是８７３ｎｔ和８７４ｎｔ。可能的２个重组位点均位于ＶＰ４区域。图２ＣＶＢ５５′ＵＴＲ区的系统发育分析树注：ａ为ＫＦ３１１７４３．１／Ｃｈｉｎａ／２０１１；ｂ为ＡＹ８７５６９２．１／Ｋｏｒｅａ／２０００；ｃ为ＭＧ８４５８９１．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５；ｄ为ＭＧ８４５８９２．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５图３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析国际检验医学杂志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３·９１８２·

图３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析
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