广西猕猴粪便中诺如病毒与星状病毒的全基因组序列分析

发布时间：2020-12-10 23:20

　　目的:了解广西龙虎山猕猴诺如病毒和星状病毒的感染状态,分析其全基因组序列、探讨遗传进化及与人类间的关系。方法:采用RT-PCR方法对收集的广西龙虎山猕猴粪便标本进行诺如病毒和星状病毒筛查,挑选阳性标本各一份进行基因扩增、克隆、测序、拼接,获得基因组全长。通过GenBank中Blastx在线比对分析,利用MEGA6.0软件进行多序列比对及遗传进化分析。结果:1.筛查发现,400份标本中诺如病毒阳性2份,阳性率为0.5%;星状病毒1份,阳性率为0.25%。2.获得的诺如病毒基因组全长为7565nt（包括PloyA尾）,分为三个 ORFs:ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093～6715nt）和 ORF3（6715～7494nt）。全基因组分析显示其与人GII.17型诺如病毒CUHK-NS-613（GenBank 登录号:KU561248）同源性最高（99.5%）。ORF1、ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性最高（99.5%和 99.4%,99.5%和 99.2%）;ORF2 区与人GⅡ.17 型诺如病毒CUHK-NS-491（GenBank登录号:KP... 

【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１?—步法ＲＴ－ＰＣＲ验证出的ＧＩＩ?．１７型诺如病毒阳性标本??注：１和２为阳性标本；３为阳性对照；４为阴性对照；Ｍ为ＤＬ５０００Ｍａｒｋｅｒ??

?广西猕猴粪便中诺如病毒与星状病毒的全基因组序列分析???２．２全基因序列扩增和拼接??本实验选择其中一份ＧＩＩ．１７型诺如病毒阳性粪便标本进行全基因序列的扩??增，命名为ＧＸ２１３。经相应的特异性引物扩增后分别获得了?５个特异性ＰＣＲ片??段，长度分别为?１６８４ｎｔ、１５１１ｎｔ、１３２３ｎｔ、１４８３ｎｔ?和?２５００ｎｔ，利用?ＤＮＡＳｔａｒ?中的??ＳｅｑＭａｎ软件将分段获得的基因片段进行序列拼接得到全基因组序列，长度为??７５６５ｎｔ。经和其它ＧＩＩ．１７型诺如病毒序列比对发现，ＧＸ２１３可分为３个ＯＲＦｓ、??５，／３’ＵＴＲ?和?ＰｌｏｙＡ?尾：ＯＲＦ１（１０？５１１２ｎｔ）、ＯＲＦ２（５０９３？６７１５ｎｔ）和?ＯＲＦ３（６７１５？??７４９４ｎｔ），其中?ＯＲＦ１?与?ＯＲＦ２?之间重叠?２０ｂｐ，０ＲＦ２?和?ＯＲＦ３?之间重叠?１?ｂｐ。ＧＸ２１３??基因结构图如图２－２所示。此序列已被ＮＣＢ１的ＧｅｎＢａｎｋ数据库所收录（ＧｅｎＢａｎｋ??登录号：ＭＦ９１８３５９）。??

??变位点相比，ＧＸ２１３也没有氨基酸变化，如图２－４所示。同时发现，ＧＸ２１３比??ＩＩＩ亚群中Ｅａｒｌｉｅｒ?ＧＩＩ．１７?２０１３－２０１４群病毒株ＶＰ１区多２个氨基酸，比ＩＩ亚群病毒??少１个氨基酸，而与Ｉ亚群病毒ＶＰ１区氨基酸长度相同。??Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?Ｉ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?ＩＩ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｄ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｅ?Ｓｉｔｅ?１１１??２９４?２９６?２９８?３４７?３６８?３７２?３７４?３９３?３９４?４０７?４４０????？?＊?＾?＾?？?＝?？?？?？?：?＝??Ｉ?８?４１?１５４?１７１?２２１?２４４?：４５?２５８?２７４?２７５?２Ｓ０?２８２?２９３?２９４?２％?２９８?３２０?３３３?３４２?３４７?３６２?３６８?３７０?３７２?ｍ?３７４?３７７?３８０?ｍ?３９４?４００?４０７?４１４?４４０?４４Ｊ?Ｍ?５０５?５３０?５４０??＾ｓｆ＾／Ｈｎ＇Ｇｉｉ．ｎ／ＨＫＧａｏｉｒＭｌＶＴ＾ＩＴＴＱＺＴＰＧＱｌＱＤｌＧ＾ｌＴｓＮＲＴＹＤＳＴＳＴ＾ＬＣＧＹＷ＾??ＫＸ３Ｓ６＿？ｋ?ＧＩＩ．丨７／ＣＨＸ／２。丨ＷＸ?▽丁万ＩＴ７?Ｑ?万??ＭＢｉ８３５９／Ｍｋ／Ｇｉｉ．ｉ７／ＣＨＮｙ２０ｉ５＂?Ｍ?Ａ?Ｖ?１?Ｑ?Ｅ?ｖ｜｜ｑ?Ｇ＾Ｔ?Ｐ?Ｇ?Ｑ?Ｉ?Ｑ?Ｄ?Ａ?Ｇ?Ｎ?７７?Ｓ?Ｎ?Ｒ?１?Ｓ?Ｄ?Ｑ?Ｄ?丘ＵＭｉ??丨丨、?■丨丁?丨丨＇?丨??图２－４?ＧＸ２１３?ＶＰ?１区氨基酸序列分析??３．讨论??自２００２年以来，ＧＩＩ．４型诺如病毒一直在全球暴发流行的腹泻病中占优势地??位


本文编号：2909462