甲型H1N1流感病毒基因组变异特性研究
发布时间：2020-12-18 23:36
长期以来,流感一直困扰着人们。变异性极强的甲型流感病毒,自1876年之后,已经在全球范围内发生过几次大规模的传播。2009年世界范围内爆发的甲型H1N1流感给人类的生命、财产以及其他方面带来了严重的威胁。那么,流感病毒变异特性的研究对于制定流感的防控措施就显得尤为重要。本文主要针对2007年至2011年人源甲型H1N1流感病毒的8个基因组片段的10种蛋白序列在传播过程的变异规律进行分析研究。通过对变异参数的定义及可视化研究,深入探索流感病毒爆发前后,流感病毒基因组蛋白序列内部氨基酸的变异情况。论文的主要工作总结如下:（1）本文对2007年至2011年这5年来的人源甲型H1N1流感病毒的HA,NP,NA,PB1,PB2,PA,M,NS这八个基因片段所对应的全蛋白序列HA,NP,NA,PB1,PB2,PA,M1,M2,NS1,NS2进行研究。首先,利用每条序列中氨基酸的频率来唯一地表示对应的蛋白序列,并由此得到一组蛋白质序列数字化映射后的矩阵。而后,利用PCA降维后进行特征提取,并将特征矩阵选用K-means++聚类方法进行聚类,获得序列聚类后的子群。（2）定义蛋白序列的相对偏移度和突变活...
【文章来源】：石家庄铁道大学河北省
【文章页数】：85 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
007年1月1号到2011年12月31号人源甲型H1N1流感病毒HA基因全序列
位的处理上选择 MATTF，不仅在准确性上得到保证，在处理时间上亦是较暂的。为了测试 MAFFT 的比对结果，本文中给出三条序列作为验证 MAFFT 准确测试序列，具体如下所示。>1ACDEFGHIKLMCCANMNTIHE>2GHIKMIHE>3ACIIH，>1、>2 和>3 分别表示序列的编号。选取 Clustalx 与 MAFFT 进行三条测列的比对工作，具体如图 5-1 所示。
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【参考文献】：
期刊论文
[1]不同时期H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的特征比较[J]. 谭福燕,乔乔,王敏,熊红叶,余克花,刘金辉. 南昌大学学报(医学版). 2016(05)
[2]2009-2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析[J]. 颜文娟,郭艳,李小杉,李伟,宣杨,宋玥,方坤,卫平民. 微生物学通报. 2017(02)
[3]甲型流感病毒快速分型与分析软件的开发与试用[J]. 王楷宬,王通,庄青叶,邱源,彭程,王素春,陈继明. 中国动物检疫. 2016(04)
[4]江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析[J]. 资海荣,郭艳,邓斐,余慧燕,王慎骄,汤奋扬,祁贤,卫平民. 南京医科大学学报(自然科学版). 2015(06)
[5]2013～2014年度中国H3N2亚型流感病毒病原学特征分析[J]. 李希妍,成艳辉,谭敏菊,黄维娟,郭俊峰,隗合江,肖宁,蓝雨,赵翔,杨磊,王钊,王大燕,舒跃龙. 病毒学报. 2015(01)
[6]甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究[J]. 赵红玲,章文,黄涛. 中国病原生物学杂志. 2014(09)
[7]H10亚型禽流感病毒全球谱系分析[J]. 蒋文明,于美芳,王素春,张玲妮,陈继明,黄保续. 中国动物检疫. 2014(02)
[8]基于进化树理论的甲型流感病毒血凝素同源性及进化分析[J]. 王伟,仇建烨,吴艳,朱平. 工程数学学报. 2012(04)
[9]生物信息学方法在探究新出现流感病毒来源上的应用[J]. 马福健,兰德松,孟潇,杨继杰,丛晶晶. 现代畜牧兽医. 2012(07)
[10]甲型H1N1流感病毒HA蛋白抗原表位及受体结合位点突变特性的对比研究[J]. 王舒宁,李国庆,吴迪,曹志伟. 生物物理学报. 2012(06)
硕士论文
[1]A型流感病毒蛋白与宿主蛋白相互作用研究[D]. 刘永飞.天津大学 2012
[2]DNA全序列分形特征研究[D]. 卢颖.西北工业大学 2003
本文编号：2924807
【文章来源】：石家庄铁道大学河北省
【文章页数】：85 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
007年1月1号到2011年12月31号人源甲型H1N1流感病毒HA基因全序列
位的处理上选择 MATTF，不仅在准确性上得到保证，在处理时间上亦是较暂的。为了测试 MAFFT 的比对结果，本文中给出三条序列作为验证 MAFFT 准确测试序列，具体如下所示。>1ACDEFGHIKLMCCANMNTIHE>2GHIKMIHE>3ACIIH，>1、>2 和>3 分别表示序列的编号。选取 Clustalx 与 MAFFT 进行三条测列的比对工作，具体如图 5-1 所示。
>AET84262 A/Alabama/WRAIR1235P/2009 2009/04/01 HA---------MKVKLLVLLCTFT…N---SCLPFQNVH…CSN-G--S-LQCRICI>ADW09120 A/Boston/95/2009 2009/04/01 HA---------MKVKLLVLLCTFT…N---SSLPFQNVH…CSN-G--S-LQCRICI>ACQ76318 A/California/04/2009 2009/04/01 HA---------MKAILVVLLYTFAT…N---TSLPFQNIH…CSN-G--S-LQCRICI>ACR09372 A/Mexico/3955/2009 2009/04/02 HA---------MKAILVVLLYTFAT…N---TSLPFQNIH…CSN-G--S-LQCRICI5.3 甲型 H1N1 流感病毒变异参数分析5.2 章节对甲型 H1N1 流感病毒基因组的数据进行处理之后，在本小节中通过对处理后的序列分析定义相关参数来分析病毒的变异情况。为了更加直观的显示蛋白质的变异情况，本文中先给出甲型 H1N1 流感病毒经过 MEGA7 比对出的结果，节选 HA 基因的比对结果，如图 5-2 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同时期H1N1甲型流感病毒H1血凝素蛋白的特征比较[J]. 谭福燕,乔乔,王敏,熊红叶,余克花,刘金辉. 南昌大学学报(医学版). 2016(05)
[2]2009-2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析[J]. 颜文娟,郭艳,李小杉,李伟,宣杨,宋玥,方坤,卫平民. 微生物学通报. 2017(02)
[3]甲型流感病毒快速分型与分析软件的开发与试用[J]. 王楷宬,王通,庄青叶,邱源,彭程,王素春,陈继明. 中国动物检疫. 2016(04)
[4]江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析[J]. 资海荣,郭艳,邓斐,余慧燕,王慎骄,汤奋扬,祁贤,卫平民. 南京医科大学学报(自然科学版). 2015(06)
[5]2013～2014年度中国H3N2亚型流感病毒病原学特征分析[J]. 李希妍,成艳辉,谭敏菊,黄维娟,郭俊峰,隗合江,肖宁,蓝雨,赵翔,杨磊,王钊,王大燕,舒跃龙. 病毒学报. 2015(01)
[6]甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究[J]. 赵红玲,章文,黄涛. 中国病原生物学杂志. 2014(09)
[7]H10亚型禽流感病毒全球谱系分析[J]. 蒋文明,于美芳,王素春,张玲妮,陈继明,黄保续. 中国动物检疫. 2014(02)
[8]基于进化树理论的甲型流感病毒血凝素同源性及进化分析[J]. 王伟,仇建烨,吴艳,朱平. 工程数学学报. 2012(04)
[9]生物信息学方法在探究新出现流感病毒来源上的应用[J]. 马福健,兰德松,孟潇,杨继杰,丛晶晶. 现代畜牧兽医. 2012(07)
[10]甲型H1N1流感病毒HA蛋白抗原表位及受体结合位点突变特性的对比研究[J]. 王舒宁,李国庆,吴迪,曹志伟. 生物物理学报. 2012(06)
硕士论文
[1]A型流感病毒蛋白与宿主蛋白相互作用研究[D]. 刘永飞.天津大学 2012
[2]DNA全序列分形特征研究[D]. 卢颖.西北工业大学 2003
本文编号：2924807
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