迟缓爱德华菌sRNA的筛选和鉴定及sRNA E sR240功能分析
发布时间：2021-01-18 11:22
迟缓爱德华菌（Edwardsiella tarda,简称Et）常存在于水体环境及水生动物中,感染宿主范围广,为兼性胞内菌,而Et菌为适应各种宿主体内环境及外界环境,必需快速调整自身的毒力基因表达。因此,Et基因组中可能存在着调节基因表达的分子,如非编码RNA,又称small RNA（sRNA）。但目前有关Et菌sRNA的报道很少,通过对Et菌sRNA的研究,发现了具有调节细菌毒力的sRNAEsR240。第一章根据ET13菌RNA-Sequencing（简称RNA-Seq）的结果,结合生物信息学方法,开展了对ET13 sRNA的分析,首先对该菌株符合一定条件的基因间的非编码区进行提取,获得5838个新转录本,然后与蛋白库注释基因相比对,比对不上的作为候选sRNA,共得到310个候选sRNA。将这些候选sRNA与sRNA库（sRNAMap、sRNATarBase和SIPHT）比对,得到16个已注释的sRNA。用软件Promoter2.0和RNAMotif将剩余未注释的294个sRNA进行启动子和ρ-非依赖型终止子的预测,共发现13个具有启动子和ρ-非依赖型终止子的新s...
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
GacS/GacA与RsmY/RsmZ相互作用调控Pel/Psl表达示意图
图 1-1 sRNA 分析流程图-PCR不同应激条件） 酸性 LB： pH 6.3、pH 4.0 或 pH 5.0 的 LB；）营养缺乏培养基：GEM 培养基；）氧化 LB：50mM，100mM，200mM，300mM 和 400mM H2O2的 LB；）高盐 LB：100mM，200mM，300mM，400mM 和 500mM Nacl 的 LB。细菌的培养取 ET13 单菌落接种于 5ml 液体培养基中，37℃过夜培养，将过夜培养的100 接种于 20ml 液体培养基中，37℃培养至稳定期后，8,000rpm，5min 收集其重悬于不同应激条件的 LB 中，继续 37℃培养 2h。细菌 RNA 提取，参照 2.1.2设计 RT-PCR 引物
图 1-2 ET13 菌的 clean reads 在 ETATCC15947 参考菌株基因组中分布均匀盖度统计序覆盖度指的是每个基因被reads覆盖的百分比，即基因中uniqu数和基因编码区所有碱基数的比值。ET13 株 3001 个基因转录表对到基因组上的 clean reads 与 ETATCC15947 参考菌株基因序列进度分析，结果表明， ET13 的 clean reads 中覆盖率在 90%-100%
本文编号：2984859
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
GacS/GacA与RsmY/RsmZ相互作用调控Pel/Psl表达示意图
图 1-1 sRNA 分析流程图-PCR不同应激条件） 酸性 LB： pH 6.3、pH 4.0 或 pH 5.0 的 LB；）营养缺乏培养基：GEM 培养基；）氧化 LB：50mM，100mM，200mM，300mM 和 400mM H2O2的 LB；）高盐 LB：100mM，200mM，300mM，400mM 和 500mM Nacl 的 LB。细菌的培养取 ET13 单菌落接种于 5ml 液体培养基中，37℃过夜培养，将过夜培养的100 接种于 20ml 液体培养基中，37℃培养至稳定期后，8,000rpm，5min 收集其重悬于不同应激条件的 LB 中，继续 37℃培养 2h。细菌 RNA 提取，参照 2.1.2设计 RT-PCR 引物
图 1-2 ET13 菌的 clean reads 在 ETATCC15947 参考菌株基因组中分布均匀盖度统计序覆盖度指的是每个基因被reads覆盖的百分比，即基因中uniqu数和基因编码区所有碱基数的比值。ET13 株 3001 个基因转录表对到基因组上的 clean reads 与 ETATCC15947 参考菌株基因序列进度分析，结果表明， ET13 的 clean reads 中覆盖率在 90%-100%
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