人肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型抗原表位的生物信息学预测

发布时间：2021-01-23 07:53

　　目的:发展人肠道病毒抗原表位的生物信息学预测方法,并应用到人肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）和柯萨奇病毒A16型（Coxasckievirus A16,CVA16）的抗原表位预测和研究中。通过建立完整的人肠道病毒B细胞构象表位（简称构象表位）和B细胞线性表位（简称线性表位）的预测流程,系统性的预测EV71和CVA16的构象表位和线性表位,比较和分析EV71和CVA16抗原表位的差异及其结构生物学基础（包括一级、二级、三级和衣壳表面结构）,并应用到病毒致病机理的研究中。方法:1.从RCSB PDB数据库下载EV71和CVA16代表株的结构蛋白的三级结构信息文件,从NCBI的Nucleotide数据库下载EV71和CVA16代表株以及30株基因型已确定的EV71病毒株的结构蛋白的氨基酸序列。2.发展人肠道病毒构象表位的生物信息学预测方法并构建预测流程。系统性的预测和比较EV71和CVA16的构象表位。分别采用MUSCLE、Clustal X、ESPript、Pymol、UCSF Chimera和RIVEM等软件工具和在线工具比较EV71和CVA16的一级结构、二级结... 

【文章来源】：宁波大学浙江省

【文章页数】：80 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
引言
第一部分 EV71和CVA16构象表位的生物信息学预测
    1 背景
    2 材料与方法
        2.1 EV71和CVA16代表株的一级结构和三级结构数据来源
        2.2 EV71结构蛋白保守性分析
        2.3 构建EV71和CVA16构象表位预测流程
        2.4 EV71和CVA16结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构比较
        2.5 EV71中和抗体以及宿主细胞受体在病毒衣壳表面的结合部位
        2.6 病毒衣壳表面结构可视化作图
    3 结果
        3.1 复合链基本特征
        3.2 EV71和CVA16构象表位的预测结果
            3.2.1 EV71和CVA16构象表位的预测结果
            3.2.2 预测准确性
        3.3 EV71和CVA16结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构比较
        3.4 EV71结构蛋白的氨基酸保守性分析
        3.5 预测的构象表位与受体结合部位之间的关系
    4 讨论
    5 结论
第二部分 EV71和CVA16线性表位的生物信息学预测
    1 背景
    2 材料与方法
        2.1 EV71和CVA16线性表位的预测算法
        2.2 比较线性表位和构象表位的预测结果
        2.3 线性表位的保守性分析
    3 结果
    4 讨论
    5 结论
参考文献
附录A 综述
    参考文献
在学研究成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]人肠道病毒71型抗原表位的研究进展[J]. 祝苗,张添方,高柳莺,董长征.  中国细胞生物学学报. 2017(09)
[2]人肠道病毒71型与手足口病的分子流行病学及其分子进化[J]. 刘志芳,桂娟娟,华启航,董长征.  遗传. 2015(05)



本文编号：2994850