寨卡病毒E、NS5蛋白生物信息学分析

发布时间：2021-03-01 12:49

　　目的对寨卡病毒（ZIKV）E蛋白和NS5蛋白序列进行生物信息学比较研究,并分析其意义。方法利用多种生物信息在线分析工具和软件包对ZIKV E、NS5基因及编码蛋白与其他黄病毒属代表株序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性。预测ZIKV E、NS5蛋白跨膜区、信号肽与二级结构以及B细胞表位。结果不同地理株的ZIKV E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别为87.1%～100%和94.2%～100%,与黄病毒属中Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高达72.8%。不同地理株的ZIKV NS5蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别为88%～99.9%和95.5%～100%,与Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高达77.5%。E蛋白二级结构以无规则卷曲居多,占50.79%,存在两个跨膜结构区域461～479aa、483～501aa,信号肽断裂位点位于501aa,可能的抗原表位区域有:317～342aa、155～181、66～89、226～238、380～384aa;NS5蛋白二级结构也以无规则卷曲居多,占51.60%,无跨膜结构区域,信号肽断裂位点位于152aa,可能的表位区域有100～114aa... 

【文章来源】：实验与检验医学. 2019,37(06)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

NS5蛋白信号肽结构预测

E蛋白二级结构（1A）及组成成分（1B）、NS 5蛋白的二级结构（1C）及组成成分（1D)

图1 E蛋白二级结构（1A）及组成成分（1B）、NS 5蛋白的二级结构（1C）及组成成分（1D)运用Bepipred法预测B细胞线性表位，结果显示E蛋白平均抗原性指数为0.062，分子内有多个可能的抗原表位区域。其中分值最高的表位区域为317～342aa，分值达1.919（阈值0.350）；其次为155～181、66～89、226～238、380～384aa（按分值高低排列），见图6。NS5蛋白平均抗原性指数为0.107，分值最高表位区域为100～114aa，分值达2.297；其次为360～372、148～159、688～707aa，见图7。

【参考文献】：
期刊论文
[1]寨卡病毒E蛋白及第三结构域的原核表达和多克隆抗体制备[J]. 丁晨曦,朱旭辉,艾乐乐,叶福强,谭伟龙,胡丹,陈家锋,郭晓璐,潘秀珍,王长军.  中国人兽共患病学报. 2018(01)
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本文编号：3057502