基于转录组数据的造血干细胞差异表达基因研究

发布时间：2021-10-26 14:21

　　目的：造血干细胞（Hematopoietic stem cell, HSC）是一类血液系统成体干细胞,具有长期自我更新的能力和分化成各类成熟血细胞的潜能。造血干细胞命运维持与转化机制的研究,对血液疾病的预防、诊断和治疗具有重要意义,然而这些机制至今仍未被阐明。本研究通过分析基因表达芯片数据寻找造血干细胞与分化、衰老和疾病相关的关键基因及其重要功能通路,为进一步探讨造血干细胞维持与转化机制和寻找新的疾病治疗靶点奠定基础。方法：（1）转录组数据选取自GEO数据库中造血干细胞差异基因表达谱数据。（2）采用编程方法对芯片的原始图像信号进行预处理,从而得到数据集中有效探针的表达值。（3）选择基于倍数变化的RankProd算法进行统计分析,获得显著差异表达的基因（DEGs）。（4）基于DAVID在线工具进行DEGs的功能注释与通路富集分析。（5）通过GeneMANIA在线工具构建以功能基因为节点的差异表达基因的共表达网络、物理互作网络；（6）通过StemCellNet在线工具发现可能与细胞干性相关（linked to sternness）的基因。结果：（1）分别获得造血干细胞的分化、衰老和疾病相关... 

【文章来源】：北京交通大学北京市 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

HSC分化数据集差异表达基因聚类结果

图7. AML-HSC数据集差异表达基因聚类结果Figure 7. AML-HSC dataset DEG heat map图中方格颜色由绿到红表示表达值由低到高；横向分类轴中，红色表示正常HSC,绿色表示AML-HSC;纵向分类中红色表示上调基闪。聚类图具

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3459662