免疫组化和直接测序以及焦磷酸测序对IDH1突变的比较研究

发布时间：2021-11-18 14:27

　　采用免疫组化法、直接测序法、焦磷酸测序法分别对弥漫性脑胶质瘤患者异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）第132位精氨酸的突变进行检测。结果表明:3种方法对高频突变的检出一致性为90.62%,免疫组化只能检测出R132H突变类型,而两种测序方法都能检测出R132-其他类型的突变;焦磷酸测序检出灵敏度最高达3%,直接测序法最经济和简便,但灵敏度低,仅能检测突变率为20%以上的突变。建议先用免疫组化和直接测序初筛IDH1基因突变,对发现的低频突变用焦磷酸测序验证。 

【文章来源】：实验技术与管理. 2019,36(10)北大核心

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

免疫组化结果

赵焕英，等：免疫组化和直接测序以及焦磷酸测序对IDH1突变的比较研究75免疫组化结果为阴性；其余15例IDHlR132H免疫组织化阳性，4例为强阳性，6例为阳性，3例为弱阳性，见图1。A-强阳性；B-阳性；C-弱阳性；D-阴性。图1免疫组化结果3.2焦磷酸测序与直接测序结果利用含生物素标记的IDH1引物样本DNA经毛细管电泳检测条带单一且大小为141bp，继而进行生物素单链的获取，于PyroMarkQ24测序仪上利用测序引物引导序列测定。图2为焦磷酸测序结果，图2中E—H对应图1的A—D。图2中E显示CAT占86%，远远大于CGT14%，跟图1A显示强阳性结果一致，图2中F对应图1B中阳性结果，CAT占55%，图2中G对应图1中C阳性，CAT占21%，图2中H中CAT检测1%，对应图1中D阴性免疫组化，一般商用的PyroMark检测试剂盒，其灵敏度都建议设在5%~10%之间，如MGMT[10]，不同的研究者针对IDH1132位点建立焦磷酸测序方法也有很多，报道的灵敏度一般不超过5%[11-12]，有研究者检测灵敏度，甚至达到2%[13]。本方法建立中，构建IDH1野生和突变质粒，经过数字PCR绝对定量后，按比例两者混合，检测到突变灵敏度为3%。这可能与扩增产物的长度不同、标记的生物素位置不同、扩增产物的纯度不同、及测序引物不同导致的检测灵敏度会有差异。图3为直接测序结果。图2焦磷酸测序结果图3直接测序结果

赵焕英，等：免疫组化和直接测序以及焦磷酸测序对IDH1突变的比较研究75免疫组化结果为阴性；其余15例IDHlR132H免疫组织化阳性，4例为强阳性，6例为阳性，3例为弱阳性，见图1。A-强阳性；B-阳性；C-弱阳性；D-阴性。图1免疫组化结果3.2焦磷酸测序与直接测序结果利用含生物素标记的IDH1引物样本DNA经毛细管电泳检测条带单一且大小为141bp，继而进行生物素单链的获取，于PyroMarkQ24测序仪上利用测序引物引导序列测定。图2为焦磷酸测序结果，图2中E—H对应图1的A—D。图2中E显示CAT占86%，远远大于CGT14%，跟图1A显示强阳性结果一致，图2中F对应图1B中阳性结果，CAT占55%，图2中G对应图1中C阳性，CAT占21%，图2中H中CAT检测1%，对应图1中D阴性免疫组化，一般商用的PyroMark检测试剂盒，其灵敏度都建议设在5%~10%之间，如MGMT[10]，不同的研究者针对IDH1132位点建立焦磷酸测序方法也有很多，报道的灵敏度一般不超过5%[11-12]，有研究者检测灵敏度，甚至达到2%[13]。本方法建立中，构建IDH1野生和突变质粒，经过数字PCR绝对定量后，按比例两者混合，检测到突变灵敏度为3%。这可能与扩增产物的长度不同、标记的生物素位置不同、扩增产物的纯度不同、及测序引物不同导致的检测灵敏度会有差异。图3为直接测序结果。图2焦磷酸测序结果图3直接测序结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]异柠檬酸脱氢酶1基因突变焦磷酸测序检测方法的建立[J]. 王丹慧,蔡彦宁,张燕莉,高杰,杨彩侠.  首都医科大学学报. 2014(02)



本文编号：3503068