鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB双基因缺失株相关耐药基因的RNA-seq分析

发布时间：2022-02-12 16:15

　　应用转录组测序技术（RNA-seq）筛选鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB相关的靶基因,为鼠伤寒沙门菌耐药机制的深入研究奠定基础。采用RNA-seq技术分析baeSR和acrB基因缺失后表达量变化的相关耐药基因,通过GO富集和KEGG通路探索其主要功能,qRT-PCR验证部分差异基因。以|log2（Fold Change）|> 1且q value <0.005为条件,其中以CR△acrB和CR为比较组,共筛选到1 320个差异表达基因,894个下调,426个上调;以CR△baeSR△acrB和CR为比较组,共筛选到1 377个差异表达基因,972个下调,405个上调。GO富集分类结果显示差异基因主要集中在跨膜运输、细胞黏附、纤毛或鞭毛运动等功能;KEGG数据库显示,差异基因主要富集在代谢途径、ABC转运系统、双组份信号转导系统、鞭毛组装、β-内酰胺抗性等通路。其中,ompR、csgD、fliA、fliG可通过调节细菌生物膜形成能力调控其对多种抗生素的耐药性;emrA、mdtC、yejE属于外排泵相关基因,可介导细菌对黏菌素、新生霉素等的耐药性;STM3031可赋予沙门菌头孢曲... 

【文章来源】：生物技术通报. 2019,35(12)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

KEGG通路富集

部分差异表达基因q RT-PCR验证结果

采用GOseq将差异表达基因注释在Gene Ontology中，GO分为分子功能（Molecular function）、生物过程（Biological process）和细胞组分功能（Cellular component)3个部分。根据试验目的筛选差异基因后，富集分析差异基因在Gene Ontology中的分布状况。以CR△acrB、CR为比较组得到30个GO功能注释（图2-A），其中分子功能类4个，无显著富集；生物过程16个，主要集中在跨膜运输、细胞定位、细胞黏附等功能；细胞组分功能10个，主要集中在细胞膜及其相关组成成分。以CR△baeSR△acrB、CR为比较组得到30个GO功能注释（图2-B），其中分子功能类5个，无显著富集；生物过程16个，主要集中在细胞运动、跨膜运输、细胞黏附、纤毛或鞭毛运动、细胞定位等功能；细胞组分功能9个，主要集中在细胞膜及其膜的组成部分。2.4 差异表达基因的KEGG Pathway富集分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]鼠伤寒沙门菌baeSR基因缺失株的构建及其对抗生素敏感性分析[J]. 王文静,徐军,高海侠,李锐,王瑞,张瑞良,李琳.  微生物学通报. 2019(11)
[2]基于转录组学技术分析细菌耐药机制的研究进展[J]. 裘鹏,郭玉茹,张泽辉,范春玲,张德显,崔璨璨,刘明春.  中国家禽. 2019(04)
[3]鞭毛素fliC基因的缺失对肠炎沙门氏菌生物膜形成的影响[J]. 朱春红,董立伟,张江英,谢静,李芙蓉,陆广富,朱国强.  中国预防兽医学报. 2016(04)



本文编号：3622033