ChIP-seq比较分析人体心脏和脾脏的H3K9三甲基化差异

发布时间：2017-11-10 22:01

  本文关键词：ChIP-seq比较分析人体心脏和脾脏的H3K9三甲基化差异

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【摘要】：目的分析人体器官心脏和脾脏的H3K9me3的全基因图谱,以期发现H3K9三甲基化的修饰与组织特异性的表达、功能和发育具有相关性。方法通过染色质免疫共沉淀的方法获取各标本DNA,通过q PCR验证ChIP结果,然后构建ChIP Sequencing文库,与目的基因组序列比对,获取比对Reads,接着进行全基因组的Peak分析,GO功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果心脏和脾脏间有169个基因有显著地H3K9me3差异,其中心脏中H3K9me3的基因中有64个特殊基因,脾脏中H3K9me3的基因中有87个特殊基因。从这些基因中,挑选出8个表现H3K9me3明显的基因,然后再从这8个基因中挑选出两个心脏和脾脏间表现H3K9me3差异最明显的基因,分别是PTPN3和RBMS。结论 H3K9me3差异可作为一个潜在的生物标志物或是表观遗传疾病的治疗靶点。
【作者单位】： 中国人民解放军第181医院
【基金】：广西自然科学基金(2012GXNSFDA053017) 广西科技基础设施建设项目(11-031-33) 广西重点实验室建设项目(12-071-32)
【分类号】：R394;Q78
【正文快照】： 在哺乳动物基因组中,组蛋白则可以有很多修饰形式。包括组蛋白末端的乙酰化,甲基化,磷酸化,泛素化以及ADP核糖基化等等,这些修饰都会影响基因的转录活性。在不同的组织和生物中已广泛研究并证实组蛋白H3K9三甲基化(H3K9me3)与异染色质形成,基因的表达和转录伸长率具有关联性[1

【共引文献】

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1 顾斌;胚胎干细胞特征性标志物Aire的发现和功能研究[D];浙江大学;2013年

2 侯静;间充质干细胞在辐射损伤后干性维持的机制研究[D];第二军医大学;2013年

3 陈娜;STAT3介导microRNAs调控的IL-9过表达在慢性淋巴细胞性白血病免疫调节机制中的研究[D];山东大学;2014年

【相似文献】

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1 王琳轶;田杰;钟立霖;吕铁伟;吴晓云;朱静;;姜黄素干预酒精对心肌祖细胞H3K9的高乙酰化失衡及其表突变作用[A];第十三次全国心血管病学术会议论文集[C];2011年

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1 王琳轶;姜黄素干预酒精对心肌祖细胞H3K9高乙酰化失衡及基因表达失衡[D];重庆医科大学;2011年

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本文编号：1168499