HLA寡核苷酸分型芯片的制备及其初步应用

发布时间：2018-04-02 23:30

  本文选题：基因芯片　切入点：中分辨度　出处：《天津医科大学》2007年硕士论文

【摘要】： 目的制备HLA寡核苷酸分型芯片，并应用基因芯片筛查糖尿病肾病遗传易感性内容HLA分型在骨髓干细胞库的建立、疾病易感性机理研究、组织器官移植等方面具有重大应用价值。由于HLA基因结构的高度多态性，对HLA抗原分型存在很大困难。目前对于HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原的分型，临床上常常采用血清学方法，但由于该方法存在着广泛的交叉反应和难以找到理想的单抗，常常出现技术上的困难和分型判断误差。PCR-SSP方法也有采用，国内外的分型试剂盒大都采用这种方法，但是因需要通过大量的电泳来确定分型结果，其临床大量样品应用也受到了限制。自20世纪90年代开始，基因芯片技术在高通量生物检测领域得到迅速发展，日臻成熟。作为斑点杂交技术的延伸，基因芯片技术以其快速，高通量，大信息量检测等特点，，在HLA分型方面有很大优势，自基因水平对HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原分型无论在准确性及方便性上都具有重要意义。我们设计了213种寡合苷酸探针，制备了基因芯片，建立了HLA寡核苷酸分型芯片这一检测平台，并应用该分型芯片进行糖尿病肾病的遗传易感性研究。方法在本实验中我们用三甲氧基硅烷建立了优化环氧片基的制备方法。并依据第十三届国际组织相容性工作会议报告及相关文献，同时考虑遗传的连锁不平衡，及强脊炎，幼年型糖尿病等与HLA密切相关的遗传病等因素，选择了中国北方汉族人群基因频率较高的等位基因，根据HLA-A，HLA-B，HLA-DR，HLA-DQB，HLA-DQA不同基因亚型的独特序列，完成了探针的设计与筛选，最后设计了213条探针，可完成中分辨度分型。在这一平台的基础上，进行一些应用基因芯片筛查糖尿病肾病遗传易感性的相关研究工作。结果所有样本的HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原基因分型均获成功。可分辨出598个Ⅰ类抗原基因型，511个Ⅱ类抗原基因型，可捡出Ⅰ类抗原基因位点57个，Ⅱ类抗原基因位点30个。并证实了B41、DR4等基因与糖尿病肾病的相关关系。结论这些探针完全可以完成中分辨率的组织配型，较临床现在常用的进口试剂盒有更方便，更省时，更精确而且可同时完成一二类基因的配型。该种芯片检测方法不但能完成配型的需要，而且可以用于与HLA密切相关的一些自身免疫性疾病的遗传因素的分析。
[Abstract]:Objective to prepare HLA oligonucleotide typing microarray and to screen genetic susceptibility to diabetic nephropathy by gene chip. HLA typing is of great value in the establishment of bone marrow stem cell bank, the study of disease susceptibility mechanism, and the transplantation of tissues and organs.Because of the high polymorphism of HLA gene structure, it is very difficult to type HLA antigen.At present, serological methods are often used in the typing of HLA- 鈪

本文编号：1702618