抑制剂Amprenavir与HIV-2蛋白酶作用机制的分子动力学研究

发布时间：2018-10-08 10:32

【摘要】：HIV-2蛋白酶已成为治疗艾滋病的一个重要药物靶标。作者采用分子动力学模拟并结合自由能计算,研究了抑制剂Amprenavir(AMP)与HIV-2蛋白酶的作用机制。研究结果表明范德华作用是AMP与HIV-2蛋白酶结合的主要力量。采用基于残基的自由能分解方法计算抑制剂-残基相互作用,结果表明疏水性的CH-π和CH-O相互作用驱动了抑制剂AMP与HIV-2蛋白酶的结合。作者期望这一研究结果能为抗艾滋病双重抑制剂的研发提供一定的理论指导。
[Abstract]:HIV-2 protease has become an important drug target for the treatment of AIDS. The interaction mechanism of inhibitor Amprenavir (AMP) with HIV-2 protease was studied by molecular dynamics simulation and free energy calculation. The results show that van der Waals interaction is the main force of the binding of AMP and HIV-2 protease. The free energy decomposition method based on residue was used to calculate the depressant residue interaction. The results showed that the interaction of hydrophobic CH- 蟺 and CH-O driven the binding of inhibitor AMP and HIV-2 protease. The authors hope that this study will provide some theoretical guidance for the development of anti-AIDS dual inhibitors.
【作者单位】： 山东交通学院办公室;山东交通学院理学院;山东师范大学物理与电子科学学院;
【基金】：国家自然科学基金项目(11104164,11274206和31200545) 山东省自然科学基金项目(ZR2011HM048) 山东交通学院博士启动资金 校自然基金项目~~
【分类号】：R341

【参考文献】

相关期刊论文 前2条

1 程伟渊;梁志强;张庆刚;伊长虹;王伟;王克彦;;p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究[J];原子与分子物理学报;2012年03期

2 扈国栋;张少龙;刘新国;张庆刚;;分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式(英文)[J];原子与分子物理学报;2010年02期

【共引文献】

相关期刊论文 前5条

1 李博;周锐;何谷;郭丽;黄维;;螺环吲哚类MDM2抑制剂的分子对接、定量构效关系和分子动力学模拟[J];化学学报;2013年10期

2 孙德福;王加磊;张少龙;张庆刚;张怿慈;;艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究[J];山东科学;2012年02期

3 伊长虹;梁志强;王伟;张少龙;张庆刚;陈建中;;抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶作用模式的结合自由能计算研究[J];原子与分子物理学报;2013年05期

4 伊长虹;梁志强;王伟;尹妍妍;李洪云;陈建中;;HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究[J];原子与分子物理学报;2013年06期

5 陈建中;梁志强;王伟;时术华;张少龙;段莉莉;张庆刚;;分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式[J];原子与分子物理学报;2014年02期

相关博士学位论文 前4条

1 郝格非;农药合理设计的分子基础研究[D];华中师范大学;2011年

2 时术华;HIV-1蛋白酶与抑制剂相互作用的理论研究[D];山东师范大学;2010年

3 闫鸿斌;四种绦虫蛋白酶及其抑制剂的系统挖掘与功能分析[D];中国农业科学院;2013年

4 聂飞;耐溶胀PTFPMS气体分离复合膜的制备及其性能研究[D];大连理工大学;2013年

【二级参考文献】

相关期刊论文 前2条

1 蒋勇军,曾敏,周先波,邹建卫,俞庆森;CDK2-抑制剂结合自由能计算[J];化学学报;2004年18期

2 胡建平;孙庭广;陈慰祖;王存新;;谷氨酰胺结合蛋白的分子动力学模拟和自由能计算[J];化学学报;2006年20期

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 扈国栋;张少龙;张庆刚;刘新国;刘宝山;孙善书;;FKBP12与其抑制剂作用的结合自由能计算[J];山东师范大学学报(自然科学版);2008年02期

2 张彤;李宗圣;金宏威;刘振明;张亮仁;张礼和;;异核苷掺入DNA:DNA双链体系的分子动力学模拟研究[J];中国药物化学杂志;2008年03期

3 时术华;扈国栋;陈建中;张少龙;张庆刚;;分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用[J];化学学报;2009年24期

4 段莉莉;张庆刚;;HIV蛋白酶与抑制剂的结合自由能计算[J];德州学院学报;2008年04期

5 扈国栋;陈建中;时术华;伊长虹;张少龙;张庆刚;;分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响[J];化学学报;2010年07期

6 方磊;计明娟;;PTP1B选择性抑制剂的分子动力学模拟及结合自由能计算[J];中国科学院研究生院学报;2009年01期

7 胡建平;柯国涛;常珊;陈慰祖;王存新;;HIV-1病毒DNA与整合酶结合后的构象变化[J];物理化学学报;2008年10期

8 缪有盼;李爱秀;刘涛;吴可柱;马翼;;基于“底物包膜”假说筛选新型HIV-1蛋白酶抑制剂[J];化学学报;2009年10期

9 李博;刘明;胡文祥;;芬太尼类化合物与阿片μ受体相互作用的分子对接与分子动力学模拟[J];物理化学学报;2010年01期

10 张继龙;侯瑞哲;李卓;郑清川;张红星;;人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造[J];化学学报;2010年03期

相关会议论文 前10条

1 张文生;王渊;叶家元;;分子动力学模拟水化硅酸钙中铝部分取代硅后结构的变化[A];中国硅酸盐学会水泥分会第三届学术年会暨第十二届全国水泥和混凝土化学及应用技术会议论文摘要集[C];2011年

2 韩晨;王建平;;非天然氨基酸与生物水相互作用的从头算分子动力学模拟[A];第一届全国生物物理化学会议暨生物物理化学发展战略研讨会论文摘要集[C];2010年

3 刘小明;由小川;庄茁;;纳米摩擦过程的分子动力学模拟[A];北京力学会第14届学术年会论文集[C];2008年

4 孔祥谦;欧阳斯盛;梁中洁;叶飞;陈丽敏;罗成;蒋华良;;赖氨酸特异性去甲基化酶1催化反应机制的理论研究[A];第十一届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集[C];2011年

5 徐文生;孙昭艳;安立佳;;硬球胶体结晶行为的分子动力学模拟[A];中国化学会第28届学术年会第15分会场摘要集[C];2012年

6 王华;苑世领;;分子动力学模拟研究表面活性剂与聚合物之间的相互作用[A];中国化学会第十三届胶体与界面化学会议论文摘要集[C];2011年

7 孙倩;陈景文;盛连喜;;柠檬酸在富勒烯表面吸附的分子动力学模拟研究[A];第六届全国环境化学大会暨环境科学仪器与分析仪器展览会摘要集[C];2011年

8 朱卫华;肖鹤鸣;;含能晶体叠氮化银温度行为的从头算分子动力学模拟[A];中国化学会第28届学术年会第13分会场摘要集[C];2012年

9 侯兆阳;;液态金属凝固过程中团簇结构的形成与演变特性的分子动力学模拟研究[A];2007“与统计有关的凝聚态物理中一些数值计算问题”研讨会论文集[C];2007年

10 刘鹏;邵学广;蔡文生;;分子项链稳定构象的理论研究[A];中国化学会第28届学术年会第14分会场摘要集[C];2012年

相关重要报纸文章 前10条

1 记者 王皓;“深超-21C”通过鉴定[N];计算机世界;2003年

2 本报驻美国记者 毛黎;美《科学》评出2010年十大科学突破及十年成就[N];科技日报;2010年

3 陆小华;研究介观结构开发新型材料[N];中国化工报;2002年

4 记者 任海军;美《科学》杂志评出2010年十大科学进展[N];新华每日电讯;2010年

5 刘莉 赵雪;药物分子设计成为药物研究核心技术[N];科技日报;2004年

6 记者 李大庆;我科学家提出提高材料综合强韧性新途径[N];科技日报;2009年

7 安吉;生命探索新引擎[N];科技日报;2009年

8 柯新玮;我国发现提高材料综合强韧性新途径[N];上海科技报;2009年

9 记者 谭大跃　通讯员 王静思;华大基因两项目成果入选[N];深圳特区报;2010年

10 记者 张晔　通讯员 陶然;南京工大纳米孔道研究有新发现[N];科技日报;2009年

相关博士学位论文 前10条

1 陶进;乙酰辅酶A羧化酶的羧基转移酶功能域的理论计算研究[D];吉林大学;2010年

2 韩秀丽;氢在钛晶体中作用的第一原理计算和分子动力学模拟研究[D];哈尔滨工业大学;2010年

3 王小清;CLC氯通道蛋白的结构与功能关系的研究[D];武汉大学;2010年

4 崔新林;冲击波压缩下铁的结构相变及微观机理研究[D];中国矿业大学（北京）;2009年

5 梁苏会;基于多体势的分子动力学研究合金系统晶态—非晶态相变[D];清华大学;2010年

6 高虹;冷喷涂中激波及粒子沉积过程研究[D];重庆大学;2010年

7 张世良;硅熔化与快速凝固过程的模拟研究[D];燕山大学;2010年

8 左光宏;纳米颗粒与环境水结构对蛋白质构象影响的分子动力学模拟研究[D];复旦大学;2010年

9 孔哲;硅/二氧化硅表面自组装单分子膜的性质、制备及应用研究[D];浙江大学;2011年

10 扈国栋;几个生物体系的分子动力学模拟和自由能计算研究[D];山东师范大学;2011年

相关硕士学位论文 前10条

1 张玉新;混合量子经典方法研究蛋白质与配体的相互作用[D];山东师范大学;2010年

2 杜雄杰;硅团簇结构硅团簇结构、形变以及相应力学特性的分子动力学模拟[D];河北科技大学;2010年

3 章伟;氧化铝基纳米陶瓷刀具材料界面分子动力学模拟研究[D];山东大学;2010年

4 雷海东;纳米级粗糙表面粘着接触行为的分子动力学模拟[D];重庆大学;2010年

5 梁晓风;一维纳米孔道材料中扩散的分子动力学模拟[D];中北大学;2011年

6 赵涛涛;阴离子表面活性剂与无机盐的相互作用[D];山东大学;2010年

7 唐静;溴化锂溶液性质的分子动力学模拟[D];大连理工大学;2011年

8 李丹;HIV-1蛋白酶与抑制剂的分子动力学模拟[D];中国科学技术大学;2011年

9 周登山;功能化石墨烯/聚合物体系的分子间相互作用力的分子动力学模拟研究[D];中国石油大学;2010年

10 郭风晨;纳米尺度双金属轧制的分子动力学模拟[D];燕山大学;2011年

，

本文编号：2256444