HAb18G/CD147及其单抗的分子模建对接和抗体人源化设计的研究

发布时间：2021-10-02 05:49

　　随着计算机辅助分子模拟技术的蓬勃发展,计算生物学越来越多地应用于生命科学各个领域,包括蛋白质结构分析、预测和分子对接的理论方法和应用软件。这些方法和工具用于抗体结构和抗原-抗体相互作用的研究当中,将为抗体工程相关的研究和应用提供了重要的理论指导和实验所需的基础数据。本研究旨在:1)用公共访问的生物信息学工具和数据库,建立一种针对鼠源性和人源性抗体可变区结构预测和模拟的方法,并转化为可用的软件工具。同时用该软件对HAb18G/CD147单体HAb18进行结构模建;2)通过计算机辅助分子对接技术研究HAb18G/CD147分子与抗体HAb18的结合模式,确定抗原-抗体相互作用的关键氨基酸残基。3)在分析抗体空间结构特点和氨基酸残基间相互作用基础上,利用计算机辅助分子设计和表面残基替换法进行鼠抗体人源化设计。研究方法是:1)抗体结构模建:从PDB（Protein Data Bank）数据库中筛选抗体的结构信息,构建本地抗体结构库,使用Java语言编写程序实现目标抗体同本地抗体结构库的序列比对,为目标抗体搜索同源模板,最后由Modeller 9v1完成抗体三维结构预测;2)抗原表位预测:以折叠... 

【文章来源】：中国人民解放军空军军医大学陕西省 211工程院校

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

HAb18可变区氨基酸序列

选模建模板：1SBS 同 A：CDR-L1：3；CDR-L2：1；CDR-L3：1；CDR-H1：1；CDR-H2：接定 1SBS 抗体可变区复合物结构为同源模建 HAb18 的结构模板。 AI 的适合 CDR-H3 的优化模板，但是其长度仅有 6 个氨基酸残基，因此头模建的方法来构建 CDR-H3。模建结果的能量优化和评估Lunix下用AMBER6 对HAb18 的模建结果进行 900 步能量优化。PRO结果的G-factors 的各项空间几蛋白质空间结构的统计学要求。最终的HAb18表示HAb18 V ，浅灰色表示HAb18 V 。HAb18 的得分最高，其 CDR 正则类别同 H的搜索确定 1I L 链 CDR-L1 为 HAb18 的 CDR-L1 的优化模板Overall为-0.21，说明模建结果空间三维结构见图H L

第四军医大学硕士学位论文Mus Antibodies Hum Antibodies1.4.1 AbModeller 的内容与功能1.4 AbModeller 的构建和评估根据 1.3 所描述的方法利用 Java 编程平台在 Windows XP 环境下，以Modeller9v1 为后台程序编写了 AbModeller 抗体结构模建软件，见图 1.3。CDR 范围，判断 CDR 正则类型；2）从本地抗体结构数据库中搜索目标抗体的同源模板；3）从本地抗体序列该软件的功能包括：1）自动划分抗体可变区


本文编号：3418082