利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变

发布时间：2021-12-18 20:35

　　目的·检测人单核细胞经干扰素α(interferonα,IFNα)刺激后在全基因组水平上的染色质开放性变化。方法·收集健康人外周血单核细胞,运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技术检测染色质开放性。使用生物信息学工具进行富集分析和可视化分析。结果·经过IFNα处理后,染色质开放性发生显著增加的区域有430个,显著降低的区域有442个;大部分开放结构位于基因的启动子和临近区域,其次是基因间区域以及基因的内含子区域。富集分析显示,染色质开放性明显增加的区域所关联的基因涉及的生物学过程大多是与干扰素相关的信号通路和抗病毒反应。可视化相应的染色质区域,效应性干扰素诱导表达基因(interferon-stimulated gene,ISG)的启动子及转录起始位点区域在IFNα刺激之后ATAC-seq信号强度明显增强;而调节性ISG在IFNα刺激前即已具备一定程度的开放性,刺激之后开放性有所增强。开放性增强区域含有干扰素刺激反应元件以及干扰素调控因子等重要转...

【文章来源】： 上海交通大学学报(医学版). 2019,39(05)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 研究对象
    1.2 主要试剂和仪器
    1.3 方法
        1.3.1 流式细胞术分选人外周血单核细胞
        1.3.2 细胞培养和处理
        1.3.3 转座与建库
        1.3.4 质控与测序
        1.3.5 生物信息学分析
2 结果
    2.1 鉴定受到Ⅰ型干扰素调控的染色质区域
    2.2 ATAC-seq信号在顺式调控元件上的分布
    2.3 开放区域所关联基因的富集分析
    2.4 可视化分析
    2.5 Motif分析
3 讨论



本文编号：3543128