生物信息分析细粒棘球绦虫EgA31蛋白T细胞及B细胞的优势抗原表位

发布时间：2023-02-06 08:52

　　背景:EgA 31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenB ank中获取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenB ank登记号为AAC21558.1),利用ProtParam在线程序分析EgA31蛋白的分子质量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、不稳定系数和总平均疏水性,DNAstar Protein模块、SOPMA在线服务器分析蛋白二级结构,Phyre的同源建模服务器预测其蛋白质三级结构,最后通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合预测细粒棘球绦虫EGA31蛋白的T细胞及B细胞的优势抗原表位。结果与结论:(1)EgA31蛋白由601个氨基酸组成,其中含有112个强碱性氨基酸,121个强酸性氨基酸,归类为不稳定且亲水性蛋白;(2)在线分析发现,EgA31蛋白的二级结构中α-螺旋约占82.36%,延长链约占4.16%,β-转角约占3.16%,无规则卷曲约占10.32%;(3)通过ABCp...

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【文章目录】：
文题释义:
0引言Introduction
1 材料和方法Materials and methods
    1.1 设计
    1.2 时间及地点
    1.3 材料
    1.4 实验方法
        1.4.1 EgA31蛋白理化性质预测
        1.4.2 EgA31蛋白质二级结构分析
        1.4.3蛋白质二级结构分析
        1.4.4 蛋白质三级结构分析
        1.4.5 EgA31蛋白的优势T细胞表位预测
        1.4.6 EgA31蛋白的优势B细胞表位预测
2 结果Results
    2.1 通过GenBank检索后得到EgA31蛋白的氨基酸序列如下
    2.2 根据ProtParam在线服务器运算结果
    2.3 利用DNAstar软件Protein模块两种方法 (Gramier-Robson及Chou-Fasman) 进行细粒棘球绦虫EgA31蛋白的二级结构分析
    2.4 SOPMA服务器分析Eg A31蛋白结果
    2.5 利用Phyre的同源建模预测EgA31蛋白的三级结构
    2.6 EgA31蛋白的优势T细胞表位预测结果
    2.7 EgA31蛋白的优势B细胞抗原表位预测结果
3 讨论Discussion



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