大理地区流行3a丙型肝炎病毒E基因序列分析

发布时间：2023-05-20 01:23

　　目的了解云南省大理地区主要流行基因型3a丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)E基因分子特征和遗传进化特点。方法 2014年1-5月,在大理州人民医院采集临床诊断为丙型肝炎患者血清,提取病毒RNA,采用3a HCV E基因特异引物进行RT-PCR扩增并测序,采用Clustal X2.1、DNASTAR、Mega 7.1、NetNGlyc 1.0和SYFPEITHI 1.0等生物信息学软件进行序列分析。结果共收集到丙型肝炎患者血清48份,其中4份(标本号为3、4、9、12)3a HCV E基因扩增阳性,测序后分别获得4株病毒1327 nt序列。遗传进化分析显示4株HCV病毒与国内、外流行3a型HCV位于同一进化分支内,核苷酸和氨基酸同源性分别为83.2%～91.5%和82.4%～92.3%,与基因3型其它基因亚型HCV同源性分别为69.6%～73.1%和73.6%～77.7%,与其它基因型HCV病毒同源性均低于66%和70.3%。4、9、12号病毒E基因均存在10个潜在糖基化位点,3号病毒缺少1个224位潜在糖基化位点,其余9个糖基化位点位置与另3株病毒均相同;与其...

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【文章目录】：
材料与方法
1 材料
2 血清
    2.1 RNA提取、cDNA合成及RT-PCR扩增
    2.2 序列分析 结 果
1 大理地区流行的3a型HCV E基因扩增
2 3a型HCV E基因序列分析
    2.1 HCV E基因核苷酸和编码氨基酸同源性分析
    2.2 3a型HCV E基因序列分析
    
2.2.1 HCV E基因编码氨基酸潜在糖基化位点
    
2.2.2 HCV E基因编码氨基酸T细胞抗原表位
    
2.2.3 大理地区流行的HCV E2基因编码蛋白结构区分析
3 大理地区流行的3a型HCV E基因遗传进化分析 讨 论



本文编号：3820267