PLS-DA模型四种诊断统计量在代谢组学应用中的比较

发布时间：2017-09-22 21:10

  本文关键词：PLS-DA模型四种诊断统计量在代谢组学应用中的比较

  更多相关文章： PLS-DA 代谢组学 诊断统计量 双重交叉验证 置换检验

【摘要】：目的比较PLS-DA模型四种诊断统计量在代谢组学数据分析中的检验效能和稳定性。方法采用双重交叉验证和置换检验的PLS-DA模型验证策略,并分别使用四种诊断统计量对模拟数据和实际数据进行分析。结果AUC统计量较误判数(率)、Q2和DQ2统计量具有更高的检验效能;同时,AUC统计量与其他三种诊断统计量相比较,具有更高的稳定性。结论 AUC统计量是PLS-DA模型验证过程中一种稳定有效的诊断统计量,推荐作为代谢组学研究中进行PLS-DA分析时的首选诊断统计量。
【作者单位】： 哈尔滨医科大学卫生统计学教研室;
【关键词】： PLS-DA 代谢组学 诊断统计量 双重交叉验证 置换检验
【基金】：国家支撑项目资助(2011BAI09B02) 国家自然科学基金(81172767)
【分类号】：R311
【正文快照】： 近年来,偏最小二乘判别分析(PLS-DA)在高维组学数据分析中应用十分普遍,特别在代谢组学领域,已成为一种常用的数据分析方法[1-2]。PLS-DA是一种集合了主成分分析、典型相关分析和多元线性回归特点的数据分析方法,与主成分分析相同的是都试图提取出反映数据变异的最大信息,但主

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 李康,林一帆;评价判别模型诊断效果的ROC分析[J];中国卫生统计;1996年03期

2 蒋红卫;夏结来;李园;于莉莉;;偏最小二乘判别分析在基因微阵列分型中的应用[J];中国卫生统计;2007年04期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 高峰,彭悴,王仁安;受试者特征曲线评价心肌酶谱对急性心肌梗死的诊断价值[J];北京医科大学学报;1998年04期

2 周健;成浩;王丽鸳;薛凤仁;何孝延;徐锦斌;贺巍;;基于杠杆率校正的PLS-DA法对正半岩武夷岩茶的识别研究[J];茶叶科学;2009年01期

3 黄唯,龚飞跃;血清生化指标对乙型肝炎肝硬化的诊断价值[J];第一军医大学学报;2002年11期

4 高海龙;李小昱;徐森淼;陶海龙;李晓金;孙金风;;透射和反射高光谱成像的马铃薯损伤检测比较研究[J];光谱学与光谱分析;2013年12期

5 潘宝骏,张锡彬,刘少娟,阙少聪;SPSS中的ROC分析用于检验/诊断方法的评价[J];海峡预防医学杂志;2003年03期

6 李康;魏韦;王滨友;赵亚双;;医学诊断试验评价的ROC分析——重复测量诊断数据的ROC曲线[J];中国医院统计;2001年01期

7 邹莉玲,余小金,闵捷,沈其君;ROC曲线在医学诊断中的应用与进展[J];东南大学学报(医学版);2003年01期

8 高海龙;李小昱;徐森淼;黄涛;陶海龙;李晓金;;马铃薯黑心病和单薯质量的透射高光谱检测方法[J];农业工程学报;2013年15期

9 王成岗;韩冰冰;王媛;王世军;;偏最小二乘判别分析在虚寒证、虚热证动物模型评价中的应用[J];辽宁中医杂志;2014年06期

10 齐方;容蓉;薛付忠;;贝叶斯网络模型在中药整体药性特征分析中的应用[J];山东大学学报(医学版);2011年05期

中国重要会议论文全文数据库 前1条

1 郝艳红;吴维超;吴拥军;吴逸明;;基于人工神经网络的荧光光谱和肿瘤标志联合检测在肺癌诊断中的应用[A];中国毒理学会生化与分子毒理专业委员会第六届全国学术会议、中国毒理学会遗传毒理专业委员会第五届全国学术会议、广东省预防医学会卫生毒理专业委员会学术会议、广东省环境诱变剂学会学术会议论文汇编[C];2008年

中国博士学位论文全文数据库 前5条

1 徐兆华;基因芯片数据统合分析方法的若干拓展[D];浙江大学;2010年

2 张明锦;基于特征选择的多变量数据分析方法及其在谱学研究中的应用[D];华东理工大学;2011年

3 邓伟;BP神经网络构建与优化的研究及其在医学统计中的应用[D];复旦大学;2002年

4 高旭;基于美国样本资料的Partin tables用于国人前列腺癌病理特征预测的准确性研究[D];第二军医大学;2006年

5 宇传华;ROC分析方法及其在医学研究中的应用[D];第四军医大学;2000年

中国硕士学位论文全文数据库 前8条

1 程枫;50岁及以上妇女骨质疏松筛检工具的评价及建立[D];四川大学;2007年

2 郭汉斌;粪便钙卫蛋白诊断大肠癌相关研究[D];山西医科大学;2009年

3 单连峰;基因芯片数据分析方法的比较研究[D];中国医科大学;2009年

4 吴维超;基于人工神经网络的荧光光谱和肿瘤标志联合检测在肺癌诊断中的应用[D];郑州大学;2008年

5 蒋映雪;应用ROC曲线评价妊娠肝内胆汁淤积症中几项生化指标的价值[D];重庆医科大学;2012年

6 张新新;基于多维多息指纹图谱的中药药性特征标记模式识别研究[D];山东大学;2012年

7 陈永坚;基于拉曼光谱的茶氨酸研究及茶叶种类判别分析[D];福建师范大学;2012年

8 杨夫芳;基于SVM-RFE的滤噪算法及不平衡问题的研究[D];大连理工大学;2013年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 蒋红卫,夏结来;偏最小二乘回归及其应用[J];第四军医大学学报;2003年03期

2 李康;郭祖超;胡琳;徐勇勇;;有序分类数据的累积比数模型分析方法[J];中国卫生统计;1993年04期

3 蒋红卫 ,夏结来 ,余莉莉;偏最小二乘回归的离群点检测方法[J];中国卫生统计;2004年03期

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 张庆全,邵昌美,孙敬忠;卫生检验中统计量与临界值近似相等的差异显著性问题[J];临沂医专学报;1997年02期

2 王洁贞,韩兢,刘言训,丁守銮;Kappa统计量在一致性和重现性检验中的应用[J];山东医科大学学报;1996年03期

3 项永兵,高玉堂,詹绍康,金凡;Wilcoxon型趋势检验统计量及其应用[J];数理医药学杂志;1995年02期

4 ;卫生统计[J];中国医学文摘.卫生学;2000年05期

5 彭荣;对连锁分析中的一个检验统计量的改进[J];中南林学院学报;2004年04期

6 王骏,马林茂;Logistic回归诊断及SAS实现[J];数理医药学杂志;2005年01期

7 ;在审校中常见的易混淆的名词[J];成都医学院学报;2010年02期

8 ;在审校中常见的易混淆的名词[J];成都医学院学报;2010年03期

9 李宗学,高娃,贾海鹰,伊仁太;二维表对数线性模型分析和熵的分解[J];数理医药学杂志;2001年05期

10 顾荣炎;;推断统计之四:两校预防近视眼工作谁作得好?——其他参数的假设检验[J];上海教育;1995年06期

中国重要会议论文全文数据库 前3条

1 余红梅;王彤;刘桂芬;王琳娜;张岩波;仇丽霞;赵晋芳;;Cox回归模型诊断及其医学应用研究报告[A];2005—2006山西省统计科研成果汇编[C];2006年

2 荀鹏程;陈峰;董晨;钱国华;赖德建;孟继宏;;HEV基因分型代表性片段筛选的记分法[A];中国现场统计研究会第十三届学术年会论文集[C];2007年

3 马宁;张正国;;小样本基因芯片实验中基因选择算法评估[A];自主创新与持续增长第十一届中国科协年会论文集（3）[C];2009年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 向阳;基于熵的关于人类数量性状位点定位的统计方法研究[D];中南大学;2008年

2 丁克越;不同单倍型块定义在单倍型块结构推断与htSNPs选择中的效应[D];中国协和医科大学;2004年

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 张霄帅;疾病遗传网络构建中两整体基因之间共关联作用的统计推断方法研究[D];山东大学;2012年

2 柳刚;406例汉族人指纹、血型和指别的相关性分析[D];华中师范大学;2002年

，

本文编号：902871