广西扶绥乙型肝炎病毒Pre-S区变异与肝癌的关联分析及其参照序列的建立

发布时间：2017-06-14 03:00

  本文关键词：广西扶绥乙型肝炎病毒Pre-S区变异与肝癌的关联分析及其参照序列的建立，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的 探讨广西扶绥县肝癌高发区HBV相关肝癌患者HBV Pre-S区变异与肝癌发生的关系并构建扶绥乙型肝炎病毒Pre-S区参照序列。方法按照病例对照的方法,采集53例HBV相关肝癌患者及95例HBV慢性携带者的血清,提取DNA后采用巢式PCR法扩增Pre-S区,扩增获得的阳性产物纯化后进行测序并分析。同时将Pre-S区序列进行多重序列比对,以每个碱基频率最高点作为参照序列该位点的碱基,获得B型和C型的参照序列。结果1. 肝癌组Pre-S区缺失率为41.5%(22/53),对照组缺失率为10.5%(10/95),两组差异有统计学意义(χ2=19.271,P=0.000,OR=6.032)。2. 肝癌组C3026T变异率为52.88%(28/53),对照组变异率为37.9%(36/95),两组差异无统计学意义(χ2=3.092,P=0.079,0R=1.836)。然而,肝癌组HBV C基因型C3026T变异率为71.8%(28/39),对照组HBV C基因型变异率为51.4%(36/70),两组差异有统计学意义(χ2=4.186,P=0.041,OR=2.404)。3. 肝癌组Pre-S2起始密码子变异率为32.1%(17/53),对照组变异率为8.4%(8/95),两组差别有统计学意义(χ2=13.559,P=0.000,OR=5.135)。4. 肝癌组T53C变异率为24.5%(13/53),对照组变异率为5.3%(5/95),两组差别有统计学意义(χ2=11.819,P=0.001,OR=5.850)。5. 非条件Logistic回归分析得出Pre-S区缺失(OR=7.021,95%CI2.692-18.314)、Pre-S2起始密码子变异(OR=5.633,95%CI 1.869-16.983)、 T53C变异(OR=5.313,95%CI 1.518-18.600)、男性(OR=2.907,95%CI 1.126-7.506)均与肝癌相关。6.T53C变异在不同性别中,对肝癌发生的作用存在异质性,说明T53C变异与性别存在交互作用(P0.1)。7. 构建扶绥地区B基因型与C基因型的Pre-S区参照序列,两序列的异质性为12.1%。结论Pre-S区缺失、Pre-S2区起始密码子变异、T53C变异是肝癌发生的独立危险因素；性别是T53C变异的效应修饰因子；HBV基因突变的研究中,参照序列的选择将影响最终的结果,不同地区具有不同的流行株,它们存在异质性,所以构建扶绥地区HBV参照序列是HBV变异研究的基础性工作。
【关键词】：肝癌 乙型肝炎病毒 基因型 Pre-S区 前S区 起始密码子 参照序列
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R735.7;R512.62
【目录】：

• 个人简历3-7
• 摘要7-9
• ABSTRACT9-11
• 1. 前言11-15
• 2. 材料与方法15-29
• 2.1 研究对象15
• 2.1.1 研究对象来源,纳入标准和排除标准15
• 2.1.2 血标本采集15
• 2.2 血清HBsAg检测15-17
• 2.2.1 试剂15-16
• 2.2.2 实验设备16
• 2.2.3 检测步骤16-17
• 2.3 血清HBV DNA提取17-19
• 2.3.1 试剂17
• 2.3.2 设备17
• 2.3.3 准备工作17-18
• 2.3.4 操作步骤18-19
• 2.4 血清HBV DNA纯度鉴定19-20
• 2.4.1 设备19
• 2.4.2 鉴定流程19-20
• 2.5 血清HBV DNA定量检测20-21
• 2.5.1 试剂20-21
• 2.5.2 设备21
• 2.5.3 检测方法21
• 2.6 HBV DNA Pre-S区变异的检测21-25
• 2.6.1 PCR扩增22-23
• 2.6.2 PCR终产物琼脂糖凝胶电泳鉴定23-25
• 2.6.3 PCR扩增终产物的测序25
• 2.6.4 分析、比对DNA序列25
• 2.7 HBV基因型与亚型的划分25-27
• 2.7.1 PCR扩增HBV DNA S区25-26
• 2.7.2 PCR扩增S区产物鉴定26
• 2.7.3 PCR扩增S区产物的测序26-27
• 2.7.4 基因型的确定27
• 2.8 HBV Pre-S区参照序列的建立27-28
• 2.9 统计分析28-29
• 3. 结果29-44
• 3.1 肝癌组与对照组一般资料的比较29
• 3.2 肝癌组与对照组HBV DNA定量的比较29-30
• 3.3 肝癌组与对照组基因型的分布情况30
• 3.4 HBV DNA Pre-S区变异分析30-32
• 3.5 HBV DNA Pre-S区缺失模式的分析32-34
• 3.6 Pre-S区变异与其他因素的关系34-35
• 3.7 多因素Logistic回归分析35-36
• 3.8 分层分析Pre-S区变异与肝癌的关系36-42
• 3.9 构建Pre-S区参照序列42-44
• 4. 讨论44-50
• 4.1 肝癌与Pre-S区变异的关系44-46
• 4.2 分层分析46-47
• 4.3 Pre-S区参照序列的初步构建47-48
• 4.4 问题与展望48-50
• 参考文献50-54
• 附录54-55
• 综述55-63
• 参考文献60-63
• 致谢63-64
• 攻读学位期间发表的学术论文64

【参考文献】

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本文编号：448264