微阵列预测分析法筛选乙型肝炎肝硬化发生的风险基因

发布时间：2017-07-29 22:22

  本文关键词：微阵列预测分析法筛选乙型肝炎肝硬化发生的风险基因

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【摘要】：目的采用基因芯片技术筛选预测乙型肝炎肝硬化发生的风险基因。方法收集2008年4月-2010年12月于上海交通大学附属第一人民医院就诊的慢性乙型肝炎(CHB)患者40例,建立蕊片筛选风险基因队列(分为5组:S0、S1、S2、S3、S4;每组8例),肝活组织病理学检查确定肝纤维化分期(以Scheuer病理评分为标准),另留取临床资料和肝组织样本。采用人Affymetrix基因芯片技术检测CHB患者肝组织的基因表达谱,微阵列显著分析(SAM)和微阵列预测分析(PAM)筛选预测肝硬化发生的风险基因组。实时定量PCR验证风险基因mRNA在肝组织中的表达情况。分类资料采用χ2检验进行比较;符合正态分布的连续变量比较采用t检验和单因素方差分析,进一步两两比较采用SNK-q检验;不满足正态分布的采用Mann-Whitney U秩和检验。结果Affymetrix基因芯片共筛选出1674个差异表达基因,差异基因聚类分析显示肝纤维化分期不同,组间的基因表达也存在差异,从而提示基因表达谱与组织纤维化分期存在较好的一致性。以4种不同的分类法分析,SAM筛选出87个显著基因,进而采用PAM筛选出14个"高风险"基因。实时定量PCR验证得出6个风险基因(CD24、CXCL6、EHF、ITGBL1、LUM和SOX9)在各组间的(S0、S1~S3和S4)的表达差异存在统计学意义(P0.05),其在S1~S3组和S4组中的表达较S0组均显著上调(P值均0.05)。结论基因芯片分析方法筛选并验证出的6个高风险基因有助于预测CHB患者有无肝硬化发生的可能性,可以作为预测乙型肝炎肝硬化发生的诊断基因。
【作者单位】： 上海交通大学附属第一人民医院消化科;
【关键词】： 肝炎 乙型 慢性 肝硬化 基因表达 微阵列分析
【基金】：国家科技部“十二五”重大专项(2013ZX10002004-002-003) 国家自然基金面上项目(81570547) 院优秀青年培养计划(061405)
【分类号】：R512.62;R575.2
【正文快照】： 据统计,全球有20亿人曾感染HBV,每年有超过50万人死于HBV感染相关的肝细胞癌(HCC)、肝衰竭等终末期肝病[1]。在长期感染HBV的患者中有10%~33%可以进展为慢性乙型肝炎(CHB),而其中20%~50%的患者会进一步发展为肝硬化[2]。肝硬化进展的临床高危因素包括:HBV复制活跃(HBVDNA105~

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本文编号：591339