基于RNA-Seq的先天性马蹄内翻足患者外周血浆的转录组学研究

发布时间：2021-08-28 04:10

　　目的:本研究旨在通过高通量测序技术对先天性马蹄内翻足（congenital talipes equinovarus,CTEV）患儿血浆行全转录组测序,比较CTEV患儿血浆与正常儿童血浆的mRNA、lncRNA、circRNA以及miRNA的表达谱,以确定差异表达基因和转录本,揭示先天性马蹄内翻足发展过程中可能存在的信号通路,为后续研究提供分子生物学基础。研究方法:1 RNA测序选取3例CTEV患儿（实验组）及3例正常儿童（对照组）血浆样品提取总RNA进行RNA测序。应用RNA测序全面分析3对血浆样品的转录组,筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。基于基因表达水平对差异表达基因进行 GO（gene ontology）功能显著性富集分析、KEGGPathway（kyoto encyclopedia of genes and genomes）显著性富集分析。2 qRT-PCR 验证应用qRT-PCR方法检测20例CTEV患儿和13例正常儿童样品中目标差异基因的表达情况,以期验证测序结果。3统计分析应用Prism 8.2.0统计学软件进行统计学分析,采用t检验方法分析目的基因的相... 

【文章来源】：中国医科大学辽宁省

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．显著差异表达基因聚类热图??

?中国医科大学硕士学位论文???ｔｅｓｔ?ｖｓ?ＣＫ??ｐｅａｒｓｏｎ?ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ：?０．３６３??２〇．?？?ｕｐ＿ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ?（１９４４）??？?ｎｏｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?（３１４７）?，＇?／??？?ｄｏｗｎ＿ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ?（７５００）?／?／??１５－?，’?／??１，０．??？?＊??．．．．?ＶＶ－．?？？??ＩＰ：??０?５?１０?１５?２０??ＣＫ??＿?２．箬异．基猶散点图??Ｘ轴和Ｙ轴表示各组样本基因乎均值ＦＰＫＭ值（ｌｏｇ２转化），红点代表上调差异表达基??国，绿点代表下调差异表达基因，灰点代表无差异基因，两条斜虚线划出上、下调基固（１．５??ｆ差异）和未变基因的界限??ｔｅｓｔ?ｖｓ?ＣＫ??？?ｕｐ一ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ?（５８）??？?ｎｏｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?（１２４１０）??？?ｄｏｗｎ＿ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ?（１２３）??纖??－５?０?５??ｌｏｇ２（Ｆｏｌｄ?Ｃｈａｎｇｅ）??图３．差异表达基通火山图??Ｘ轴表示ｌ〇ｇ２ＦＣ值，Ｙ轴表示纵向２条绿线分别为上调（右侧）和下调（：左??侧），绿色平行线对应户值５録点代表差异显著的下调基因，红点代表差异显．著的上调基??＇因，灰点代表非显著差异基囡。??１２??

?中国医科大学硕士学位论文???Ｉ?＇?ｒ—ｎ?Ｉ?＇?ｒ＾ｎ??＝１?Ｇｒｏｕｐ??ｇ?§?ｇ?Ｍ?＾?Ｗ??图４．显著差异表达ｍｉＲＮＡ聚类热图??每行代表一个ｍｉＲＮＡ，每列代表一个样本，红色代表上调显著差异表达ｍｉＲＮＡ，绿色??代表下调显著差异表达ｍｉＲＮＡ。??１４??


本文编号：3367762