应用蛋白质组学筛选宫颈癌患者尿液中的肿瘤标志物

发布时间：2017-06-29 15:16

  本文关键词：应用蛋白质组学筛选宫颈癌患者尿液中的肿瘤标志物，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：宫颈癌是女性肿瘤中常见肿瘤之一,其发病率仅次于乳腺癌。晚期宫颈癌患者五年内的生存率为9%到64%,早期患者的生存率为66%到95%,所以早期诊断能显著提高患者的生存率。传统的诊断宫颈癌的方法如细胞法、观察法、阴道镜等具有敏感性差、特异性低等缺点,亟需一种新的诊断方法能够准确地早诊宫颈癌。用肿瘤标志物早期诊断癌症是近年来发展起来的一种新型的诊断方法,并且有些肿瘤标志物已在临床应用。尿液是血液经肾滤过的透析液,具有无创、取样简便等优点,是筛选标志物的理想标本。本研究采用蛋白质组学分析方法,分析宫颈癌患者尿液中与正常人尿液的蛋白质组,筛选差异蛋白,寻找与宫颈癌早期诊断有关的肿瘤标志物。我们收集了43例宫颈癌患者和47例健康女性的尿液样本,其中13例宫颈癌患者尿样和7例健康女性尿样作为实验组;30例宫颈癌患者尿样和40例健康女性尿样作为验证组。少量的样本作为实验组用来研究尿蛋白质组和寻找标志物,验证组则扩大样本量用于验证标志物。所有的尿液样本使用超速离心的方法沉淀尿蛋白,再对蛋白进行还原,加入洗液,再次超速离心得到最终的蛋白样本,对蛋白定量,SDS-PAGE预分离,胶内酶解,萃取出肽段,质谱鉴定。对宫颈癌患者和健康女性各自特异的蛋白做GO分析,可得出这些蛋白参与的生物过程。对宫颈癌患者和健康女性共有的蛋白,利用统计学方法筛选差异表达蛋白,再对这些蛋白做聚类和GO分析。通过生物信息学分析,从宫颈癌患者差异尿蛋白中筛选出有诊断价值的肿瘤标志物。在实验组的宫颈癌患者尿液(CC_urine)中我们鉴定到4135个蛋白(FDR0.01),其中unique peptides1的蛋白有2158个。在健康女性的尿液(HW_urine)中鉴定到4347个蛋白(FDR0.01),其中unique peptides1的蛋白有2689个。宫颈癌患者特异尿蛋白的GO结果显示这些蛋白富集程度最高的生物过程是免疫反应,而在健康女性特异尿蛋白的GO结果显示这些蛋白富集程度最高的生物过程是生物粘连。利用统计学方法从宫颈癌患者和健康女性共有的尿蛋白中筛选到84个上调蛋白和82个下调蛋白,对这些蛋白做聚类和GO分析后发现,只有上调蛋白能把宫颈癌患者和健康女性完全分开,并且上调蛋白富集程度最高的也是免疫反应。通过生物信息学分析,我们从宫颈癌特异蛋白中筛选到S100A7和CEACAM8这两个蛋白,在共有蛋白中筛选到DPP4这个蛋白。在验证组中,双盲法测试S100A7,CEACAM8以及两者联合诊断宫颈癌的敏感性能达到73%、87%、93%;ROC分析得出DPP4诊断宫颈癌的敏感性和特异性为67%和76%。结果提示,宫颈癌患者的尿蛋白质组与健康女性的尿蛋白质组不同,并且S100A7和CEACAM8可以作为宫颈癌潜在的肿瘤标志物。
【关键词】：宫颈癌 尿液 蛋白质组 肿瘤标志物
【学位授予单位】：河北大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R737.33
【目录】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 第1章 前言11-14
• 第2章 蛋白质组学在筛选生物标志物上的应用14-17
• 2.1 蛋白质组学14
• 2.2 蛋白质组学筛选肿瘤标志物14-16
• 2.2.1 膀胱癌的肿瘤标志物14-15
• 2.2.2 肺癌的肿瘤标志物15
• 2.2.3 卵巢癌的肿瘤标志物15
• 2.2.4 乳腺癌的肿瘤标志物15-16
• 2.3 宫颈癌的肿瘤标志物16-17
• 第3章 应用蛋白质组学筛选宫颈癌患者尿液中的肿瘤标志物17-33
• 3.1 引言17
• 3.2 材料与试剂17-21
• 3.2.1 研究对象17-18
• 3.2.2 实验试剂18
• 3.2.3 实验溶液配制18-21
• 3.2.4 实验仪器21
• 3.2.5 分析软件21
• 3.3 实验方法21-24
• 3.3.1 尿液的收集及贮存21
• 3.3.2 蛋白样品的制备21-22
• 3.3.3 蛋白定量及预分离22
• 3.3.4 考马斯亮蓝染色及脱色22
• 3.3.5 胶内酶解22-23
• 3.3.6 基于Q Exactive-Plus的质谱分析23
• 3.3.7 数据库检索23-24
• 3.3.8 生物信息学分析24
• 3.4 实验结果24-29
• 3.4.1 实验重复性以及尿蛋白质组24-25
• 3.4.2 差异蛋白分析25-27
• 3.4.3 质谱法验证标志物27-29
• 3.5 讨论29-32
• 3.6 结论32-33
• 参考文献33-42
• 致谢42-43
• 攻读学位期间取得的科研成果43

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