PSP相关基因鉴别诊断策略的研究

发布时间：2017-09-02 11:33

  本文关键词：PSP相关基因鉴别诊断策略的研究

  更多相关文章： 原发性自发性气胸 临床表型 目标基因捕获测序技术 基因诊断

【摘要】：目的：原发性自发性气胸(PSP)是一种较常见的呼吸系统急诊,易反复发作,其病因尚不明确。FLCN基因突变能引起BHD综合征(BHDS),典型的BHDSI临床症状包括皮肤损伤、PSP以及肾癌,也可以仅有PSP表型,约11%的PSP患者是由FLCN基因突变引起的。目前BHDS诊断存在两方面问题。第一,临床表型鉴别诊断：BHDS患者肺部表型(PSP)一般早发于皮肤损伤和肾癌。如何从肺部临床表型筛选出BHDS疑似患者以缩小需要做FLCN基因测序的PSP人群范围?第二,基因诊断方法：FLCN基因突变类型复杂,包括小片段缺失／插入、剪切位点突变、无义突变以及基因内大片段缺失／插入等多种突变类型。要检测这些突变必须分别采用两种不同的测序技术。其中小片段缺失／插入、剪切位点突变、无义突变需要通过Sanger测序方法检测,基因内大片段缺失／插入需要利用MLPA检测。这两类方法虽然具有较高的特异性,但是通量不高且成本不低。加之Marfan综合征、肺淋巴管肌瘤病、ED综合征、高胱氨酸尿症以及α1-抗胰蛋白酶缺乏症等临床疾病都有气胸表型。这些疾病的非典型性病例均可以气胸为首发临床表型,难与普通性气胸区分,易被误诊为单纯性PSP,而忽视其他更严重的潜在表型。因此有必要对相关致病基因进行测序以排除或确诊相关综合征的存在。方法：为解决第一个问题,选取2010年3月至2014年5月在三家医院的133例PSP住院患者进行前瞻性实验。将有气胸家族史,或者有中下肺大泡列为筛选指标,标记BHDS疑似患者。接着对所有患者进行Sanger测序和MLPA分析,验证筛选指标的特异性和灵敏度。为解决第二个问题,课题组拟对PSP患者引入一种新的测序方法—-target-enrichment sequencing(目标基因捕获测序技术)——进行回顾性研究。我们选出7个(包括FLCN)与PSP相关临床综合征的致病基因,选取30例经FLCN基因突变分析(Sanger测序以及MLPA)的气胸患者。其中有20例检测有FLCN基因突变,这些突变包括所有已知类型(小片段缺失／插入、剪切位点突变、无意突变和基因内大片段缺失／插入)。2例(F294和F105)依据临床症状诊断为肺淋巴管肌瘤病,3例(F736、F250和F266)临床症状疑似BHDS,1例(F646)确诊为Marfan综合征,4例(F350、F602、F619和F978)为单纯性PSP。结果：第一,133例PSP患者中,有41例被标记为BHDS疑似患者——3例有家族史,39例有中下肺大泡(包括1例有家族史)。经Sanger测序和MLPA分析检测到14例FLCN基因突变。其中12例有中下肺大泡(包括1例有家族史)属于BHDS疑似患者标记组；另2例为上肺大泡,无中下肺大泡且无家族史。此方法灵敏度Se=30.8%,特异度Sp-97.9%。第二,27例样本中,目标基因捕获测序技术检测结果与Sanger测序和MLPA检测到FLCN基因突变的结果一致,无一漏检,且未发现Sanger测序和MLPA没有检测到的突变；其它基因还发现1例TSC1基因的剪切位点突变(F350,临床上未被诊断为LAM)以及1例FBN1基因的无意突变(F646,临床上已被诊断为MFS)。结论：第一,本次前瞻性实验具有一定的灵敏度,以及很高的特异度。提示从肺部临床表型(有中下肺大泡)鉴别诊断BHDS疑似患者,可以有效地缩小需要做FLCN基因检测的PSP人群范围。第二,本课题初步探索了目标基因捕获测序技术在PSP相关临床综合征的基因诊断应用。目标基因捕获测序技术准确度高,能检测各种突变类型；在FLCN突变的临床检验,该技术可以代替两种传统测序技术(Sanger测序和MLPA分析)；还可以同时对其它与PSP相关的基因进行测序,其性价比较高。因此该实验策略将有效地用于PSP相关基因的鉴别诊断。
【关键词】：原发性自发性气胸 临床表型 目标基因捕获测序技术 基因诊断
【学位授予单位】：南京大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R440;R561.4
【目录】：

• 中文摘要5-7
• ABSTRACT7-10
• 缩略词10-11
• 第一章 绪论 PSP相关临床综合征的遗传学分析11-22
• 第一节 气胸的简介与分类11-13
• 第二节 与PSP相关临床综合征的简介13-22
• 第二章 前瞻性在PSP患者中鉴别诊断BHDS22-25
• 第一节 前言22
• 第二节 材料与方法22
• 第三节 前瞻性实验方案22-23
• 第四节 结果23
• 第五节 讨论23-25
• 第三章 PSP相关致病基因的目标基因捕获测序25-38
• 第一节 前言25-27
• 第二节 实验方案设计27
• 第三节 材料与方法27-28
• 第四节 实验步骤28-35
• 第五节 结果35-37
• 第六节 讨论37-38
• 全文总结38-39
• 参考文献39-45
• 致谢45-46
• 附录46-54

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本文编号：778337