高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法的优化及应用

发布时间：2017-10-22 14:00

  本文关键词：高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法的优化及应用

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【摘要】：目的:建立一种较优的高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法,用于H7N9禽流感病毒基因组监测。方法:分别以6碱基随机引物反转录生成单链cDNA,合成双链cDNA;流感病毒通用反转录引物U12反转录生成单链cDNA,6碱基随机引物合成双链cDNA;U12引物反转录生成单链cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备高通量测序模板、构建测序文库、测序并分析数据,比较3种方法对高通量测序效率的影响,并与传统Sanger测序方法比较其测序的准确性,选择其中较优的方法用于高通量测序。结果:以U12引物反转录cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备的高通量测序模板,在测序族生成数、覆盖率、单核苷酸多态性及读长等方面均优于另外两种方法。结论:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法用于高通量测序具有准确性高,周期短,成本相对较低,可同时检测多个样本等特点,可用于大规模H7N9禽流感病毒基因组监测。
【作者单位】： 江苏省疾病预防控制中心卫生部肠道病原微生物重点实验室;
【关键词】： 禽流感病毒 HN 模板制备 高通量测序
【基金】：国家科技重大专项课题(2012ZX10004401) 江苏省科教兴卫工程(ZX201109,RC2011191) 江苏省科技支撑项目(BE2011796)
【分类号】：R373;S852.65
【正文快照】： 2013年2月开始,一种新的H7N9亚型禽流感病毒感染人引起死亡的病例不断被报道[1],目前已引起130例感染,35例死亡[2]。散发的人感染禽流感病毒包括H5、H7及H9亚型,除了高致病性H5N1亚型病毒引起大约60%的病例死亡之外[3],荷兰曾报道过1例人感染高致病性H7N7禽流感病毒引发急性

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本文编号：1078626