人与小鼠lncRNA功能变异分析及数据库构建

发布时间：2020-05-18 11:22

【摘要】：长非编码RNA(Long Noncoding RNA,lncRNA)可以通过与不同类型的分子结合在生物过程中发挥作用。近年来,有关lncRNA、单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)及突变的研究越来越多,为了给lncRNA及其变异的研究提供资源,我们收集、整理并注释了完整的lncRNA上的功能性变异数据,包括SNP和癌症中的突变信息。SNP数据来源于NCBI的dbSNP数据库,突变数据来源于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库以及癌症体细胞突变数据库(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)。利用上述公共数据库中的数据,我们最终鉴定了人类141,353条lncRNA的7,260,238个SNP以及小鼠117,405条lncRNA的3,921,448个SNP;人类lncRNA的859,534个来自COSMIC的非编码突变以及158,806个来源于TCGA的癌症相关的突变。除此之外,我们还预测了lncRNA序列上的潜在miRNA结合位点,收集了lncRNA在20种癌症的癌旁和癌症样本中的表达量,lncRNA相关的疾病信息,实验验证的lncRNA与miRNA的相互作用信息。对于上述收集的lncRNA上的SNP和突变信息,我们预测了这些变异对lncRNA二级结构和功能的影响,对lncRNA与miRNA相互作用的影响。同时,利用全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)数据库中的数据注释了发生在lncRNA上的位于tagSNP所在的连锁不平衡区域(Linkage Disequilibrium,LD)的SNP。最后,我们将上述所有lncRNA及其变异信息整合到了数据库中,并设计了一个开放性网站供研究人员使用,网址是:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/。网站提供了lncRNA及其变异相关数据的浏览、查询以及部分数据下载功能。此外,我们还构建了两个预测工具,可以根据用户提供的lncRNA序列及相关的变异信息预测变异对lncRNA二级结构的影响以及对lncRNA上miRNA结合位点的影响。
【图文】：

华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文在癌症的发生发展过程以及预后中发挥作用之外，在预测癌症病人对治疗的反应方面也有重要作用。如在结肠癌中， BET 抑制剂治疗对长非编码 RNACCAT1 的高表达的患者来说有更好的疗效[14]；在卵巢癌中，长非编码 RNAHOTAIR 的高表达预示着不良预后[15]。

华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文来，以人类的数据库模块为例介绍 lncRNASNP 数据库。lncRNASNP-human 的首页如图 3.1 所示。在数据库的首页，设计了查询框，用户可以通过关键字来搜索数据库中的数据内容，可供查询的关键字有 dbSNP 数据库中 SNP 的名称，，lncRNA 的名称（可以是 NONCODE id 或者其他别名），miRNA 的名称，TCGA 中的癌症缩写，COSMIC 中的突变名称以及染色体上的某一段区域。用户可以通过上述关键字的全部和部分内容对数据库中的数据进行查询。用户对 lncRNASNP2 数据库的访问可以从 lncRNA、SNP、miRNA、Mutation（来源于 TCGA 的 mutation 或来源于 COSMIC的 mutation）这几个方面展开。
【学位授予单位】：华中科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：TP311.13;R346

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本文编号：2669640