EB病毒相关伯基特淋巴瘤差异基因表达分析初探

发布时间：2020-07-18 15:05

【摘要】：目的:于分子层面分析探究EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)相关的伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma,BL)的差异表达基因(DEGs),明确EBV阳性BL细胞系中钙黏蛋白1(Calcium mucin 1,CDH1),泛素结合酶(Ubiquitin binding Enzyme,UBE2N),前mRNA加工因子(pre-mRNA processing factor 19,PRPF19)的表达情况,分析差异表达基因产生的原因以及EBV潜伏基因对差异基因转录表达的影响,探讨在EBV相关BL发生发展中EBV和差异基因的相互作用,为阐明生物信息学在深入探讨BL发生中的意义提供理论和实验依据。方法:(1)自美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)获取EBV阳性及阴性BL细胞系相关基因芯片数据集GSE100458,采用morpheus软件筛选差异表达的基因,分别把上调与下调的基因输入名为DAVID的数据库(Database for Annotation,VisualizationandIntegrated Discovery,DAVID,https://david.ncifcrf.gov),并进行GO(http://www.geneontology.org)分析;进一步采用cytoscape软件筛选出10个TOP基因。(2)采用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)检测EBV阳性BL细胞系Raji、Daudi和EBV阴性淋巴瘤细胞系Ramos中筛选出TOP基因的转录表达。(3)基于焦亚硫酸氢盐修饰的基因组测序法(Bisulfite genomic sequencing,BGS)用于检测EBV阳性BL细胞系及EBV阴性BL细胞系中PRPF19基因启动子区甲基化情况。(4)采用t检验进行统计学分析。结果:(1)GO分析200个上调基因和200个下调基因,上调基因主要集中在细胞外间隙通路、肝素结合通路和生长因子活性通路;下调基因主要集中在逆行性小囊泡运输通路、内质网膜通路和伽马微管蛋白结合通路。将差异表达基因进行实时蛋白质相互作用分析后,筛选出PRPF19等10个核心基因。(2)qRT-PCR验证结果显示,在EBV阳性细胞系和阴性BL细胞系组间,PRPF19等7个基因转录表达有显著性差异,乙酰辅酶A羧化酶beta(acetyl-CoA carboxylase beta,ACACB)等3个基因无显著性差异。(3)对PRPF19和UBE2N基因启动子区甲基化情况进行检测,BGS测序结果显示EBV阳性BL细胞系和EBV阴性BL细胞系中PRPF19及UBE2N基因启动子区均未发生甲基化。(4)选取其中UBE2N、CDH1、PRPF19基因进行蛋白水平验证,Western blotting结果显示EBV阳性和阴性BL淋巴瘤细胞系中UBE2N差异表达(t=18.56,P=0.0029),PRPF19表达水平均较高,无统计学差异(t=0.5369,P=0.6286),CDH1基本不表达。结论:(1)EBV阳性BL细胞系中PRPF19,UBE2N的转录水平明显低于EBV阴性BL细胞系,EBV阳性BL细胞系中CDH1的转录水平明显高于EBV阴性BL细胞系,提示EBV感染可调控差异基因的转录水平。(2)EBV阳性BL和EBV阴性BL细胞系中PRPF19,UBE2N启动子区甲基化状态未发生改变,提示EBV阳性BL中差异基因转录水平下调不是由启动子区甲基化引起。(3)BL阳性组织与BL阴性组织中UBE2N蛋白的阳性率有明显差异,BL阳性组织与BL阴性组织中PRPF19蛋白的阳性率无明显差异,可能与本次研究的BL样本较少有关,或许在BL组织中差异基因表达可能还存在其他更加复杂的调控途径。(4)EBV感染可导致宿主细胞基因表达谱的改变,生物信息学分析法可初步筛选出差异表达基因和相互作用的蛋白,为进一步深入研究提供有价值的信息和思路。
【学位授予单位】：青岛大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R373
【图文】：

图 1. 差异基因表达聚类分析al gene expression clustering analysis. Blue for low expressio

上调基因GO分析

图 3. 下调基因 GO 分析Figure 3 Downgrade gene GO analysis为 GOTERM_MP DIRECT(分子功能)，红色条带为 GOTERM_CC DIRE为 GOTERM_BP DIRECT(生物过程)。

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本文编号：2761051