大理地区NTM临床分离优势菌群MLVA法基因分型研究

发布时间：2020-11-08 13:02

　　 目的:运用16SrRNA基因了解云南大理地区常见致病性非结核分枝杆菌(non-tuberculosismycobacteria,NTM)的流行状况;探讨运用基因多位点数目可变串联重复序列(Multiple locus variable-number Tandem-repeat,MLVA)基因分型法在云南大理地区非结核分枝杆菌中的运用。方法:1.收集云南大理地区经对硝基苯甲酸(P-Nitrobenzoic acid,PNB)和噻吩-2-羧酸肼(2-Thiophenecarboxylic acidhydrazide TCH)初步鉴定的致病性非结核分枝杆菌临床分离株,设计16SrRNA和hsp65双靶基因引物,以初步鉴定为NTM的临床分离株的DNA为模板进行聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR),PCR产物经测序后经Blast比对进行菌种鉴定。2.对经过菌种鉴定的、培养良好的非结核分枝杆菌菌株利用MLVA法进行基因分型研究,运用BioNumerics(6.6)软件对其进行数字化处理和聚类分析。结果:1.通过16SrRNA和hsp65两对引物进行分子菌种鉴定后,结果显示有10株非结核分枝杆菌,其中鸟分枝杆菌8株,其次是脓肿分枝杆菌2株。由此可以看出,鸟分枝杆菌为大理地区的优势菌株。2.经聚类分析结果显示鸟分枝杆菌分为共4群(A、B、C、D),7个基因型。A群有2个基因型,有2株,占总菌株数的25%;B群有3个基因型,有4株,占总菌株数的50%;C群有1个基因型,有1株,占总菌株数的12.5%;D群有1个基因型,有1株,占总菌株数的12.5%。在8株鸟分枝杆菌中,B群中有一簇,有2株菌株,成簇率为25%(2/8),6株未成簇,占75%(6/8)。A、C、D群中没有成簇菌株。结论:1.在非结核分枝杆菌菌种鉴定中,运用16SrRNA基因,被更精确的鉴定为NTM不同菌种。大理地区主要以鸟分枝杆菌为主要的优势菌群。2.大理地区非结核分枝杆菌有较高的DNA基因多态性,从该聚类分析图可得出MLVA基因分型分为4个基因群,主要的流行菌群为B群。
【学位单位】：大理大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R378.911
【部分图文】：

第一部分 10 株非结核分枝杆菌的菌种鉴定结果1 部分 NTM 菌落生长情况NTM 菌株在中性罗氏培养基上生长情况见图 1-1，可明显看到培养基上良好的非结核分枝杆菌。

图 1-1 非结核分枝杆菌在中性罗氏培养基中生长情况Fig.1-1 Growth of non-tuberculosis Mycobacterium in neutral Roche medium酸染色镜检结果随机取一 NTM 菌株进行齐-尼氏抗酸染色，见图 1-2。镜下可见大量红色状的细菌。

表 1-5 非结核分枝杆菌传统法鉴定结果Table.1-5 Traditional identification results of non-tuberculous mycobacteria菌种 培养基PNB TCH L-J 菌株数非结核分枝杆菌 + + + 10结核分枝杆菌 — + + 4牛型结核分枝杆菌 — — + 34 16SrRNA 和 hsp65 基因的 PCR 扩增结果各菌株在引物 16srRNA、hsp65 的 PCR 扩增结果，分别见图 1-4、图 1-5。由图 1-4 可以明显的看出，第 1 孔是标准减毒株 H37Rv 和第 2-11 孔为各 NTM 菌株在引物 16srRNA 基因扩增下，同时在大约 570bp 大小处扩增产生一条清晰的电泳条带。由图 1-5 可以明显的看出，1 孔标准减毒株 H37Rv 和 2-11 孔为各 NTM 菌株在引物 hsp65 基因扩增下，同时在大约 644bp 大小处扩增产生一条清晰的电泳条带。
【参考文献】

相关博士学位论文 前1条

1 郑惠文;常见致病性非结核分枝杆菌表型与基因型相关性研究[D];中国疾病预防控制中心;2017年

本文编号：2874823