iBAQ非标定量分析生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌的蛋白质组学差异

发布时间：2020-11-11 02:02

　　 目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非标记定量蛋白质组学分析鉴定生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌株蛋白质组学差异。方法 64株临床分离的鲍曼不动杆菌株按生物被膜形成能力不同分为强组和弱组,收集两组菌株蛋白质样本进行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解产物进行LC-MS/MS质谱分析。使用Maxquant软件对LC-MS/MS原始文件进行查库以及iBAQ非标定量分析。Maxquant软件查库文件使用Perseus软件分析,通过GO(Gene Ontology)数据库对鉴定出的差异蛋白及特异蛋白从生物学过程、细胞成分和分子功能3方面进行功能注释,通过KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差异蛋白涉及的代谢通路。结果实验通过LC-MS/MS分析共鉴定到1 120个肽段,457个蛋白质,其中13个蛋白质的表达在生物被膜形成能力强组和弱组间差异具有统计学意义,其中7个蛋白质在弱组显著性低表达,6个在强组显著性低表达。另外,还鉴定出在生物被膜形成能力弱组(7个)和强组(5个)特异性表达的蛋白质,并对其参与的细胞过程及信号通路进行了分析。结论基于iBAQ的非标记定量蛋白质组学分析方法鉴定出多种与生物被膜形成能力相关的蛋白质,可为分析生物被膜形成的原因、机制及治疗提供参考。
【部分图文】：

对培养至第5天的64株鲍曼不动杆菌生物被膜形成能力重复进行3次半定量测定,其中生物被膜形成能力阴性11株,占总数的17.19%;生物被膜形成能力阳性53株,占总数的82.81%,其中18株(33.96%)生物被膜形成能力较强,35株(66.04%)生物被膜形成能力较弱。分别收集两组样本:生物被膜形成能力强者组(3株菌)和弱者组(3株菌)。菌株扩增培养后收集总蛋白,进行SDS-PAGE。两组样品条带较为均一,蛋白提取效果良好(图1)。2.2 蛋白质鉴定及定量结果

表4 生物被膜形成能力强组中特异性表达蛋白及其参与信号通路Tab.4 A list of the specially expressed proteins and involved KEGG pathways in the strong biofilm-forming group 蛋白质 KEGG信号通路 isocitrate lyase Glyoxylate and dicarboxylate metabolism; Nicotinate and nicotinamide metabolism; Propanoate metabolism Polyribonucleotidenucleotidyl transferase decarboxylase Pyrimidine metabolism; Purine metabolism G protein-coupled receptor 34 Thiamine metabolism; Purine metabolism Lysine 6-aminotransferase Esterase/lipase Drug metabolism - other enzymes图3 特异性表达蛋白质的GO注释结果

特异性表达蛋白质的GO注释结果
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本文编号：2878595