基于Kullback-Leibler距离对致病位点位置的识别

发布时间：2020-11-19 06:24

　　 通过对KullbackLeibler距离的研究,计算出基因位点分布之间的KullbackLeibler距离,根据KullbackLeibler距离值找出某种疾病最有可能的一个或几个致病位点的位置信息,实现对致病位点的位置信息的快速识别,为遗传学中发现遗传病或性状的遗传机理方法做出参考.
【部分图文】：

Ｉ，Ｘ２，?Ｘ３分别是后５Ｑ０个患者每个位点的每种碱基组合编码情况出现的次数，这里把有病??和没病的人们相应位点出现的频率作为位点的分布概率，并结合Ｒ．统计软件计算出对应的??ＫｕｌｌｂａｃｋＬｅｉｂｌｅｒ距离，然后根据ＫＬ值的大小，很快地识别出疾病最有可能的一个或几个致??病位点的位置信息．最后将这两组数据按照ＫＬ距离的公式进行处理，我们分析得到当两组??样本数据的ＫＬ距离越大的位点信息越是可能导致患病的位点信息．用Ｒ软件来画出ＫＬ值??的频数分布图和ＫＬ值的箱图，如下图所示：??图１的纵坐标表示ＫＬ值出现的频数，横坐标表示ＫＬ的取值，可以很直观的看出大部??分位点的ＫＬ值都非常小，我们得知只有少数的一些位点对该病的影响较大；图２从下至上??的五条水平线依次表示最小值、第一四分位点、中位数、第三四分位点、最大值．同时，我们??通过Ｒ，语言中的函数可以看出具体的数值．Ｘ朽十算得到的ＫＬ值，按照其值的大??小进行降序排列，以第一四分位点作为阈值来筛选样本位点．这样，我们就将原先的雑４５个??位点信息，压缩到７０８２个位点，完成了对样本信息的降维处理，按照计算出的ＫＬ值的大小??降序排列，仅截取前２０个位点信息结果如表２．??
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本文编号：2889823