伴放线放线杆菌中幽门螺杆菌毒力相关基因的生物信息学分析

发布时间：2020-11-20 06:12

　　 目的:应用生物信息学方法分析幽门螺杆菌(Hp)毒力岛基因和空泡毒素基因在伴放线放线杆菌(Aa)中的存在及序列的变化。方法:用ncbi genbank数据库、蛋白同源性比对(blastP和tblastn)、极大似然法构建进化树和计算序列多态性研究Aa中是否含有Hp的毒力岛基因及空泡毒素基因,分析其相应的序列变异特征。结果:在Aa菌株中含有4个Hp毒力岛基因的同源基因,cagE、cagX、cagY和cagBeta。与其他种属菌株相比,Aa的cagE与Hp有较近的亲缘关系,且Aa菌株含有cagE基因的比列较高;基因多态性分析发现,cagE在两个物种中均有较低的Tajima's D值(负值),两者的Pi值存在明显差异(P0.01)。结论:Aa中含有Hp的部分毒力岛基因,其中cagE在两个物种中有较近的亲缘关系,且受到了负向选择的作用。
【部分图文】：

表1 Aa中Hp毒力相关基因的同源性分析Tab 1 Homology analysis of Hp virulence related genes in Aa 基因名 蛋白名 蛋白长度 E值 基因名 蛋白名 蛋白长度 E值 cag1 CagZeta 115 NA cag16 CagM 376 NA cag3 Cag3 481 NA cag17 CagN 306 NA cag4 Cag4 169 NA cag18 CagL 237 NA cag5 CagBeta 748 1.00E-81 cag19 CagI 381 NA cag6 CagZ 199 NA cag20 CagH 370 NA cag7 CagY 1927 2.00E-27 cag21 CagG 142 NA cag8 CagX 522 6.00E-18 cag22 CagF 268 NA cag9 CagW 535 NA cag23 CagE 983 4.00E-87 cag10 CagV 252 NA cag24 CagD 207 NA cag11 CagU 218 NA cag25 CagC 115 NA cag12 CagT 280 NA cagB CagB 75 NA cag13 CagS 196 NA cag26 CagA 1186 NA cag14 CagQ 126 NA vacA VacA 1290 NA cag15 CagP 114 NA - - - - 注:blastP比对后得到的E值,E值越小表示在Aa中无对应蛋白的可能性越大; NA: 表示blastP比对后在Aa中未发现对应的蛋白图2 Aa和Hp的CagE蛋白结构域分析

Aa和Hp的CagE蛋白结构域分析

从ncbi中下载含有完整基因组的44 个Hp菌株和8 个Aa菌株,tblastn检验结果发现,所有Hp菌株中均含有cagE基因,而且在8 个Aa菌株中有4 个菌株含有cagE基因,两者均显著高于Genbank中其他菌株的比例(15%)(P<0.05)(图4)。由此可见,与其他非Hp相比,cagE基因普遍存在于Aa菌株中。图4 不同种细菌菌株中cagE的比例分析
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本文编号：2891068