结核分枝杆菌PpiA蛋白的生物信息学分析及功能预测

发布时间：2021-01-15 08:45

　　目的应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv0009基因编码蛋白PpiA的结构与功能进行预测和分析。方法由NCBI数据库中获得Rv0009基因及PpiA蛋白的相关序列信息;运用ProtParam及ProtScale对PpiA蛋白的理化特性和亲疏水性进行分析;运用NetPhos、TMHMM分析PpiA的磷酸化位点及跨膜区结构;分别运用SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred预测PpiA蛋白的二级结构和三级结构;运用SYFPEITHI软件进行抗原表位的预测分析;运用STRING预测PpiA的相互作用蛋白,并对其生物过程进行功能富集分析。结果结核分枝杆菌蛋白PpiA由182个氨基酸组成,分子式为C₈₄₈H₁₃₁₀N₂₃₈O₂₆₇S₄,属于稳定的亲水性蛋白;其二级结构中无规则卷曲（Cc）含量占53.85%,α-螺旋（Hh）含量占18.68%,β-折叠（Ee）占20.88%,β-折角（Tt）含量占6.59%。PpiA蛋白无信号肽和跨膜区结构,具有14个磷酸化优势位点;该蛋白含有18... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(06)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

PpiA蛋白亲水性分析

利用SOMPA预测分析PpiA蛋白的二级结构,结果见图2。其中无规则卷曲(Cc)含量占53.85%,α-螺旋(Hh)含量占18.68%,β-折叠(Ee)占20.88%,β-折角(Tt)含量占6.59%。4 PpiA蛋白的信号肽、跨膜区及磷酸化位点预测

运用SignalP 4.1对PpiA蛋白N端的70个氨基酸进行信号肽分析。需要指出的是,现行系统版本物种选择中不包含分枝杆菌属,因此本实验分析图表以革兰阳性菌的物种模式下的结果进行展示,D值为0.274。图3显示,各物种模式下的D值均小于阈值0.450,提示该蛋白无信号肽。跨膜区分析表明该蛋白无跨膜区结构(图4)。图4 PpiA蛋白的跨膜区结构预测

【参考文献】：
期刊论文
[1]结核分枝杆菌Wag31蛋白的生物信息学分析[J]. 刘相群,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2019(09)
[2]结核分枝杆菌BfrB蛋白的生物信息学分析[J]. 袁秋露,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2018(02)
[3]结核分枝杆菌eis基因及其编码蛋白的生物信息学分析[J]. 张西燕,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2018(02)



本文编号：2978606