基于多信息融合的B细胞表位预测算法研究

发布时间：2017-04-12 19:24

  本文关键词：基于多信息融合的B细胞表位预测算法研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：近年来,B细胞表位预测作为一个核心问题被深入讨论,在免疫学领域中占据着十分重要的位置。B细胞表位是指这样的一组氨基酸残基,它位于抗原表面上,并且能够被B细胞表面受体识别并与抗体特异性结合。能够准确定位到该区域对制备高通量的抗体、免疫干预以及人工疫苗的设计具有非常重要的意义。定位B细胞表位最可靠的方法是通过生物实验技术,如X-Ray、NMR等技术对抗原抗体复合物的空间构象进行解析从而准确定位B细胞表位,这类方法不仅费时费力,而且成本很高,更是目前的实验条件所无法承受的。随着已知的B细胞表位数目的增加,首先使用计算预测的方法对抗原表面的区域进行预测,然后再通过生物实验技术进行鉴别和证实。这类方法目前已经得到广泛应用,并且极大地提高了定位B细胞表位的速度。构象性B细胞表位预测的方法或是基于抗原结构特征的或是基于模拟表位信息的,这两类方法的预测性能似乎都达到了一个性能瓶颈。本文将常用的抗原3D结构特征信息、mimotope信息以及抗原和抗体相互作用信息相融合,利用机器学习的方法,建立预测模型和算法,进行多信息融合的B细胞表位预测。本文选取Mimotope benchmark 2.0中一个复合体结构对应一组模拟表位集合的18条数据作为本文的测试集,大量的实验证明RF算法在I=5,K=0,S=1的参数条件下,预测结果达到了最优,敏感性为0.60、特异性为0.81、PPV为0.35、MCC为0.15、ACC为0.80、F值为0.44。将本文算法分别与Pep-3D-Search、Epi Search、Pepsurf和Mimopro进行了比较,本算法在PPV、MCC、ACC和F值四个评价指标的平均值均高于其他四个方法,充分证明本文算法是正确的、有效的。
【关键词】：B细胞表位预测 多信息融合 机器学习 模拟表位
【学位授予单位】：东北师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：TP202;R392
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-8
• 引言8-10
• 第一章 绪论10-13
• 1.1 B细胞表位预测研究背景10-11
• 1.2 国内外研究现状11
• 1.3 本文主要研究内容及组织结构11-13
• 第二章 B细胞表位预测方法研究现状13-17
• 2.1 基于抗原结构的B细胞表位预测13-14
• 2.1.1 基于抗原序列结构的B细胞表位预测13-14
• 2.1.2 基于抗原 3D结构的B细胞表位预测14
• 2.2 基于抗原-抗体结合特异性的B细胞表位预测方法14-15
• 2.3 基于噬菌体组合肽库筛选的B细胞表位预测方法15-16
• 2.4 本章小结16-17
• 第三章 基于多信息融合的B细胞表位预测17-25
• 3.1 基于多信息融合的B细胞表位预测算法思想及流程图17
• 3.2 基于多信息融合的B细胞表位预测算法描述17-25
• 3.2.1 基于抗原结构特征的提取18-22
• 3.2.2 基于抗原-抗体结合特异性特征的提取22-23
• 3.2.3 基于mimotope特征的提取及处理23-24
• 3.2.4 确定候选表位氨基酸24-25
• 第四章 基于多信息融合的B细胞表位预测算法结果评价分析25-33
• 4.1 数据集的选取25-26
• 4.2 评价参数的确定26-27
• 4.3 算法预测结果分析27-29
• 4.3.1 算法预测结果27-28
• 4.3.2 算法中参数的选取28-29
• 4.4 与其他算法的比较29-33
• 第五章 总结与展望33-35
• 5.1 总结33
• 5.2 展望33-35
• 参考文献35-38
• 致谢38-39
• 在学期间公开发表论文及著作情况39

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 姜笃银;陈璧;;免疫组化方法检测猪和人皮肤通用抗原标志[J];感染.炎症.修复;2002年01期

2 姜笃银,付小兵,周兵,张迎春;免疫组化方法检测猪和人皮肤通用抗原标志[J];实验动物科学与管理;2003年03期

3 张立新,万年新,支云冲;南通市崇川区居民430例乙型肝炎抗原抗体系统检测[J];南通大学学报(医学版);2005年04期

4 刘大军;王红;;乙肝病毒抗原抗体系统检测结果的模式分析[J];实用医药杂志;2006年06期

5 王红;;提取性核抗原抗体蛋白芯片技术检测结果分析[J];实用医药杂志;2007年02期

6 王鸣;张莉;陈慧;周建平;雷文兰;王汉中;;咸宁市5081例高中生血清HBV抗原抗体及基因型检验结果分析[J];职业与健康;2007年22期

7 陈红;何逸文;卢新;;乙型肝炎抗原抗体定量测定在阻断母婴宫内传播中的意义[J];中国新生儿科杂志;2008年05期

8 黄卫彤;黄纬;黄爱民;张良;邓巧云;曾宪生;覃羽华;韦红卫;;阴道分泌物检测人类免疫缺陷病毒抗原抗体筛查艾滋病的实验研究[J];检验医学与临床;2009年24期

9 陈道明;;病毒性肝炎抗原抗体系统的流行病学意义[J];人民军医;1982年04期

10 ;补体[J];医药科技资料;1977年S1期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 杜华;潘静坤;赵田;李新蕊;贺柳杨;余俊;;抗原抗体结合:可逆、平衡的反应[A];第6次全国微生物学与免疫学大会论文摘要汇编[C];2004年

2 杨显志;;微波在ELISA中的应用[A];“第十四届全国微波能应用学术会议”暨“2009年微波创造美的生活高峰论坛”论文集[C];2009年

3 王鸣;余育胜;周建平;雷文兰;张莉;;咸宁烟厂工人乙型肝炎抗原抗体系统检测结果分析[A];生命科学与微生物专辑[C];2004年

4 陈红;卢新;;乙型肝炎抗原抗体定量测定在阻断母婴宫内传播中意义的研究[A];全国围产医学专题学术研讨会论文汇编[C];2007年

5 王鸣;张莉;陈慧;周建平;雷文兰;王汉中;;5081例高中生乙型肝炎病毒抗原抗体系统及基因型分析[A];“环境与健康”学术研讨会论文摘要集[C];2007年

6 安中平;;抗细胞内抗原抗体相关脑炎[A];山东省2013年神经内科学学术会议暨中国神经免疫大会2013论文汇编[C];2013年

7 刘效辉;杜怡峰;;神经元抗原研究进展[A];山东省2013年神经内科学学术会议暨中国神经免疫大会2013论文汇编[C];2013年

8 陈帅;韦超;韩三阳;姚建林;沈理明;顾仁敖;;免疫磁性纳米粒子的循环利用[A];第十六届全国光散射学术会议论文摘要集[C];2011年

9 夏君;陈孝煊;吴志新;;用两种ELISA方法快速检测柱状噬纤维菌[A];中国鱼类学会2008学术研讨会论文摘要汇编[C];2008年

10 刘雪峰;张长;;拉米夫定治疗e抗原阴性慢性乙型肝炎93例疗效观察[A];2005年浙江省感染病、肝病学术会议论文汇编[C];2005年

中国重要报纸全文数据库 前6条

1 甘勃;给赛马核发“健康证”仅需六小时[N];大众科技报;2008年

2 实习生 易立;献血,为何一些人群被限制？[N];科技日报;2010年

3 武讯;新一代HIV—1p24抗原抗体检测试剂盒研制取得重要进展[N];中国医药报;2010年

4 北京煤炭总医院泌尿外科主任医师　钟伟;走出肾炎的误区[N];健康时报;2003年

5 滕小春;乙肝疫苗接种后 不产生抗体怎么办？[N];医药经济报;2002年

6 特约记者 李霁;乙肝治疗将更科学准确[N];家庭医生报;2003年

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 张晓敏;热休克蛋白60抗原、抗体和70抗体在冠心病发病中的作用[D];华中科技大学;2008年

中国硕士学位论文全文数据库 前7条

1 王燕春;旋毛虫与Hela细胞相关抗原抗体抗肿瘤作用的研究[D];吉林大学;2011年

2 廖云霞;丙型肝炎病毒抗原抗体联合检测试剂盒的研究[D];南华大学;2011年

3 陈平;重组人精子特异性乳酸脱氢酶抗原的制备及其在不育症自身抗体检测中的应用[D];福建医科大学;2006年

4 陈如敬;小瓜虫重组抑动抗原的亲和纯化及免疫学特性分析[D];福建农林大学;2008年

5 闫俊;化学酶法合成氟代Thomsen-Friedenreich（T）抗原及其唾液酸化衍生物[D];山东大学;2013年

6 陈军;模式识别技术在筛选溶脲脲原体和人精子交叉抗原中的应用研究[D];上海交通大学;2007年

7 鞠海旭;基于多信息融合的B细胞表位预测算法研究[D];东北师范大学;2015年

  本文关键词：基于多信息融合的B细胞表位预测算法研究，由笔耕文化传播整理发布。

，

本文编号：301989