用模式识别方法预测耐碳青霉烯类药物的大肠埃希菌
发布时间：2021-04-05 12:54
本论文选用于2018年1月至2018年4月采自徐州医科大学附属医院检验科患者体内的大肠埃希菌菌株作为研究样本。提取对碳青霉烯类药物耐药的大肠埃希菌和对碳青霉烯类药物敏感的大肠埃希菌中的多肽和代谢物,每组实验设置3个生物学重复,采用静电场轨道阱质谱（Orbitrap MS）对提取的多肽和代谢物样本分别进行分析,引入模式识别方法从复杂的分析结果中实现对耐药菌株与敏感菌株的快速,准确的预测。根据单变量统计分析找出两类菌株在统计学上有显著性差异的化合物,为研究大肠埃希菌对碳青霉烯类药物的耐药机制及药物的合成提供参考。实现聚类分析,主成分分析（PCA）,偏最小二乘法判别分析（PLS-DA）和正交偏最小二乘法判别分析（OPLS-DA）的R语言程序包分别是"cluster"包,"psych"包和"ropls"包。单变量统计分析利用了t检验计算每一个化合物的P值,进行显著差异化物筛选,同时利用倍数变化（FC）分析计算每一个化合物的FC值,判断该化合物在耐药菌株与敏感菌株中的含量变化。多肽样本的静电场轨道阱质谱数据的模式识别分析结果表明:基于最远距离法的聚类分析结果能将两类大肠埃希菌很好的区分开,且基于...
【文章来源】：中国矿业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RStudio操作界面示例
图 4-13 多肽样本 OPLS-DA 的得分图Figure 4-13 Score of OPLS-DA for ESI positive mode spectra of peptide samples.Scores (OPLS-DA)2t-10 -5 0 5 10t1-155-5510R1-1R2-2R3-1R4-1R4-3S2-2S4-2S1-1S1-2S2-1S3-3S4-1S4-3R1-3RR21-1-2R2-3R3-3R3-3R4-2S1-3S2-3S3-1S3-2
图 5-14 代谢物样本 OPLS-DA 的载荷图Figure 5-14 Loading plots of OPLS-DA for ESI positive mode spectra of metabolite samples表 5-3 代谢物样本中 OPLS-DA 筛选出的差异化合物Table 5-3 Differential Compounds identified by OPLS-DA in metabolite samples序号 m/z 序号 m/z 序号 m/z1 437.1 44 176.9 87 207.02 211.1 45 111.0 88 160.93 221.0 46 132.0 89 143.94 218.9 47 168.9 90 250.95 223.0 48 186.9 91 124.96 119.0 49 205.0 92 206.97 220.9 50 203.9 93 190.98 438.1 51 228.0 94 223.99 237.9 52 138.9 95 360.910 149.0 53 239.0 96 109.511 243.0 54 221.9 97 103.912 131.9 55 185.9 98 105.913 231.9 56 318.2 99 228.914 181.0 57 353.2 100 219.015 182.9 58 253.1 101 156.016 130.5 59 199.9 102 278.917 227.9 60 252.1 103 280.9
【参考文献】：
期刊论文
[1]碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌的耐药机制研究及其在医院感染控制中的应用[J]. 李虹,黄家遂,王洁,兰玉. 检验医学与临床. 2017(23)
[2]基于正交偏最小二乘判别分析法分析茯砖茶和千两茶差异性品质成分[J]. 李永迪,张贻杨,彭忠,谭斌,林海燕. 食品安全质量检测学报. 2017(11)
[3]不同品种小米淀粉理化特性的主成分分析与聚类分析[J]. 张桂英,张喜文,杨斌,张国权,李萍,杜文娟,姜龙波. 现代食品科技. 2017(11)
[4]离子电极法快速测定榨菜中硝酸盐含量[J]. 孙钟雷,许艺,李宇,赵李玉. 食品科学. 2016(14)
[5]基于偏最小二乘-判别分析算法的癌痛规范化治疗评价[J]. 蒋程,韩冰,吕健刚,石佳娜,李功华,张美玲. 中国临床药理学与治疗学. 2015(12)
[6]2013年中国CHINET细菌耐药性监测[J]. 胡付品,朱德妹,汪复,蒋晓飞,孙自镛,陈中举,胡志东,李金,谢轶,康梅,徐英春,张小江,张朝霞,季萍,王传清,王爱敏,倪语星,孙景勇,俞云松,林洁,储云卓,田素飞,徐元宏,沈继录,单斌,杜艳,卓超,苏丹虹,张泓,孔菁,魏莲花,吴玲,胡云建,艾效曼. 中国感染与化疗杂志. 2014(05)
[7]基于R下的主成分分析及应用[J]. 魏景海. 哈尔滨师范大学自然科学学报. 2014(04)
[8]耐甲氧西林金黄色葡萄球菌中mecA、femA检测及其抗生素敏感性研究[J]. 许顺姬,许东哲. 现代预防医学. 2013(03)
[9]基于聚类及主成分分析的山慈菇质量评价[J]. 杨占南,桂阳,余正文,刘作易,罗世琼,朱国胜. 广东农业科学. 2012(17)
[10]碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌的耐药机制探讨[J]. 李世杰,郭瑞娟,邢广栋,武晓敏,刘大宁. 中国抗生素杂志. 2012(08)
硕士论文
[1]基于R语言的空间统计分析研究与应用[D]. 杨中庆.暨南大学 2006
本文编号：3119671
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【学位级别】：硕士
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图 4-13 多肽样本 OPLS-DA 的得分图Figure 4-13 Score of OPLS-DA for ESI positive mode spectra of peptide samples.Scores (OPLS-DA)2t-10 -5 0 5 10t1-155-5510R1-1R2-2R3-1R4-1R4-3S2-2S4-2S1-1S1-2S2-1S3-3S4-1S4-3R1-3RR21-1-2R2-3R3-3R3-3R4-2S1-3S2-3S3-1S3-2
图 5-14 代谢物样本 OPLS-DA 的载荷图Figure 5-14 Loading plots of OPLS-DA for ESI positive mode spectra of metabolite samples表 5-3 代谢物样本中 OPLS-DA 筛选出的差异化合物Table 5-3 Differential Compounds identified by OPLS-DA in metabolite samples序号 m/z 序号 m/z 序号 m/z1 437.1 44 176.9 87 207.02 211.1 45 111.0 88 160.93 221.0 46 132.0 89 143.94 218.9 47 168.9 90 250.95 223.0 48 186.9 91 124.96 119.0 49 205.0 92 206.97 220.9 50 203.9 93 190.98 438.1 51 228.0 94 223.99 237.9 52 138.9 95 360.910 149.0 53 239.0 96 109.511 243.0 54 221.9 97 103.912 131.9 55 185.9 98 105.913 231.9 56 318.2 99 228.914 181.0 57 353.2 100 219.015 182.9 58 253.1 101 156.016 130.5 59 199.9 102 278.917 227.9 60 252.1 103 280.9
【参考文献】：
期刊论文
[1]碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌的耐药机制研究及其在医院感染控制中的应用[J]. 李虹,黄家遂,王洁,兰玉. 检验医学与临床. 2017(23)
[2]基于正交偏最小二乘判别分析法分析茯砖茶和千两茶差异性品质成分[J]. 李永迪,张贻杨,彭忠,谭斌,林海燕. 食品安全质量检测学报. 2017(11)
[3]不同品种小米淀粉理化特性的主成分分析与聚类分析[J]. 张桂英,张喜文,杨斌,张国权,李萍,杜文娟,姜龙波. 现代食品科技. 2017(11)
[4]离子电极法快速测定榨菜中硝酸盐含量[J]. 孙钟雷,许艺,李宇,赵李玉. 食品科学. 2016(14)
[5]基于偏最小二乘-判别分析算法的癌痛规范化治疗评价[J]. 蒋程,韩冰,吕健刚,石佳娜,李功华,张美玲. 中国临床药理学与治疗学. 2015(12)
[6]2013年中国CHINET细菌耐药性监测[J]. 胡付品,朱德妹,汪复,蒋晓飞,孙自镛,陈中举,胡志东,李金,谢轶,康梅,徐英春,张小江,张朝霞,季萍,王传清,王爱敏,倪语星,孙景勇,俞云松,林洁,储云卓,田素飞,徐元宏,沈继录,单斌,杜艳,卓超,苏丹虹,张泓,孔菁,魏莲花,吴玲,胡云建,艾效曼. 中国感染与化疗杂志. 2014(05)
[7]基于R下的主成分分析及应用[J]. 魏景海. 哈尔滨师范大学自然科学学报. 2014(04)
[8]耐甲氧西林金黄色葡萄球菌中mecA、femA检测及其抗生素敏感性研究[J]. 许顺姬,许东哲. 现代预防医学. 2013(03)
[9]基于聚类及主成分分析的山慈菇质量评价[J]. 杨占南,桂阳,余正文,刘作易,罗世琼,朱国胜. 广东农业科学. 2012(17)
[10]碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌的耐药机制探讨[J]. 李世杰,郭瑞娟,邢广栋,武晓敏,刘大宁. 中国抗生素杂志. 2012(08)
硕士论文
[1]基于R语言的空间统计分析研究与应用[D]. 杨中庆.暨南大学 2006
本文编号：3119671
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