基于第二代测序技术对蝇类携带细菌多样性的研究与应用

发布时间：2021-06-29 04:49

　　目的蝇类是一种重要的医学媒介生物,携带大量的细菌病原体,可直接或间接地传播疾病,与人类健康关系密切,因此对蝇类携带细菌进行检测分析,对于预防相应疾病的发生与流行具有重要意义。目前蝇类携带细菌检测方法的检测效率均较低,能检测出的细菌种类十分有限,无法反应样品携带细菌的实际情况;第二代测序技术测序通量高,一次测序并可得到来自样品的全部核酸序列,为蝇类携带细菌的全面检测提供了可能。本研究将第二代测序技术用于蝇类携带细菌多样性的研究,旨在建立一种高效的蝇类细菌多样性的检测方法,为检验检疫工作提供参考。方法研究内容分为四个部分。第一部分,在振荡洗脱法的基础上,对蝇类携带细菌分离及收集方法进行优化,探究了两个影响其收集效率的条件,分别为洗脱次数和洗脱液收集量,通过单一因素的控制变量法,以细菌DNA的收集效率为指标,并结合实际操作的繁琐程度,得出最适洗脱次数和洗脱液收集量,从而得到一种简便高效的蝇类携带细菌的分离及收集方法。第二部分,比较了细菌的六种DNA提取方法,包括:磁珠法、热裂解法、试剂盒法（有溶菌酶处理和无溶菌酶处理）、超声波法和超声+热裂解法;以10种细菌的等量混合液作为样品,用六种方法分... 

【文章来源】：广东药科大学广东省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

洗脱次数与DNA收集量关系图

洗脱效率最高。图 2.1 洗脱次数与 DNA 收集量关系图2.2.2 最佳洗脱液收集量由图可知，n=1 时，Qn=26.36％，当 n 取其他值时，Qn值在 7％~9％之间波动，表明从上之下依次吸取细菌洗脱液时，最下面一层细菌洗脱液中细菌含量最大，可达 26.36％，而其余 9 层细菌含量较小，且含量相差不大，取值在 7％~9％之间。由 Mn值绘制的折线图可知

M：DNAMarker；（每种方法设置三个平行样品，共 18 个然六种方法所提取出的 DNA 纯度和浓度差异较大，性；在扩增效率方面，磁珠法、超声法、试剂盒法无溶菌酶处理）比热裂解法和超声+热裂解法高，其直接达到建库的要求。序结果分析是运用降维分析的方式，将数据之间的差异反映在两标轴表示出来，通过 PCA 分析图中样品距离的远近组分的相似性，从而可以判断多个重复样品之间的点之间相隔越近，则表示样品的物种组成越相似。知，每种提取方法中所对应的三个重复样均聚集在复性较好。


本文编号：3255768