膜蛋白TAP分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究

发布时间：2017-04-29 15:03

  本文关键词：膜蛋白TAP分子与抗原肽相互作用的拉伸分子动力学研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：与抗原呈递相关转运体(transporter associated with antigen processing, TAP)在抗原呈递进程中起着至关重要的作用,它将蛋白酶降解产生的肽类从细胞质里转运到内质网腔中。近来越来越多的研究证实其与多种慢性感染疾病、自身免疫疾病等有很强的关联。尽管如此,但是由于其实验数据的缺乏,仍然有很多问题亟待解决,如TAP蛋白质的具体构象,在转运抗原肽过程中信号传导与转运机制等。本文采用拉伸分子动力学(steered molecular dynamics, SMD)模拟抗原肽与TAP相互作用,通过在抗原肽上施加虚拟牵引力,使抗原肽通过TAP形成的转运通道。在模拟过程中,由于通道结构的不规则性以及抗原肽和TAP拉伸过程中的相互作用,故不能采用固定方向的拉伸模式,所以本文采用了选取最优化方向来实现拉伸过程。经过1483ps时间的SMD模拟,抗原肽顺利穿过了TAP分子,到达内质网腔,完成了转运过程。根据模拟过程中体系均方根偏差(Root Mean Square Deviation, RMSD)、均方根波动(Root Mean Square Fluctuation, RMSF)和特殊氨基酸位置的变化,分析模拟过程中的结构变化,得到以下结论：经过SMD模拟,由于抗原肽与TAP的相互作用,膜蛋白TAP分子面向细胞质的开口变小,而面向内质网的开口变大。
【关键词】：与抗原呈递相关转运体 转运机制 拉伸分子动力学 均方根偏差 均方根波动
【学位授予单位】：大连理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R392;Q615
【目录】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-8
• 1 绪论8-12
• 1.1 研究背景8-10
• 1.2 研究现状10-11
• 1.3 研究内容及意义11-12
• 2 理论基础和方法介绍12-32
• 2.1 蛋白质结构简介12-14
• 2.2 蛋白质数据库介绍14-15
• 2.3 蛋白质相互作用15-16
• 2.4 同源模型的建立16-22
• 2.5 分子模拟技术简介22-24
• 2.6 拉伸分子动力学24-30
• 2.6.1 拉伸分子动力学原理24-26
• 2.6.2 拉伸几何结构的技巧26-30
• 2.7 GROMACS软件包简介30-32
• 3 模拟过程32-36
• 3.1 体系介绍32-33
• 3.2 拉伸方向分析33-34
• 3.3 参数设置34-36
• 4 结果数据及分析36-46
• 4.1 模拟过程结构变化分析36-40
• 4.2 模拟前后体系结构比对40-46
• 结论46-47
• 参考文献47-50
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况50-51
• 致谢51-52

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 仇飞飞;吕秋萍;万光伦;陈召灵;;ABCG2及其在喉癌中的研究进展[J];安徽医药;2014年04期

2 杨杰;董宋鹏;李子彬;高凤山;;抗原处理相关转运体蛋白的研究进展[J];生命科学;2014年10期

中国硕士学位论文全文数据库 前3条

1 潘显超;多肽TAP亲和活性预测与分子模拟研究[D];重庆大学;2013年

2 仇飞飞;稳定转染ABCG2 shRNA真核沉默载体的人喉癌Hep-2细胞的建立及其SP检测[D];安徽医科大学;2014年

3 刘银丽;基于肠道吸收模型与肠道转运蛋白的元胡白芷药对配伍规律研究[D];第二军医大学;2014年

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本文编号：335085