基于GenBank数据库的不同基因型细粒棘球绦虫系统进化分析
发布时间：2021-08-20 18:25
目的分析GenBank数据库中公布的细粒棘球绦虫各基因型细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（Cox1）基因序列,探索细粒棘球绦虫各基因型在全球不同地区的遗传变异及分化情况。方法收集GenBank数据库中公布的不同基因型细粒棘球绦虫Cox1基因序列,排除同一地区内相同基因序列,寻找收集的基因序列间的变异位点并构建进化树,观察不同地区细粒棘球绦虫各基因型的地域聚集性及原始基因序列。结果通过对Cox1基因序列变异位点统计,发现细粒棘球绦虫Cox1基因突变类型以颠换为主,G1、G6、G7基因型在其分布的各地区均有相同Cox1基因序列,基因序列相对应的GenBank登录号分别为KY766891、MH300971、MH301007。系统进化分析发现G10基因型存在明显地域聚集性。结论细粒棘球绦虫G1、G6、G7基因型存在原始Cox1基因序列;G10基因型进化树中出现地域聚集性,存在生殖隔离趋势。
【文章来源】：中国血吸虫病防治杂志. 2020,32(01)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
基于CoxCox1基因的细粒棘球绦虫GG1基因型分子进化树Fig.1PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG1genotypebasedontheCoxCox1gene注：ME中东；AF非洲；SA南美洲；AS亚洲；NA北美洲；EU欧洲；AU澳大利亚Note:MEMiddleEast;AFAfrica;SASouthAmerica;ASAsia;NANorthAmerica;EUEurope;AUAustralia
中国血吸虫病防治杂志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.1表3细粒棘球绦虫GG3基因型CoxCox1基因变异位点Table3ThemutationsiteoftheCoxCox1geneinEchinococcusgranulosusGG3genotype地理位置Geographicallocation亚洲Asia欧洲Europe非洲Africa中东MiddleEastG3基因型GenBank登录号GenBankaccessionnumberoftheG3genotypeKJ559023MG682542MG682512MG682529MG682532KY766900KY766897KX020358KX020351KX020350KU697314MG682544MG682515MG682539KY766894核苷酸变异位点Nucleotidevariationsite189CT299TC325AG402CT614CT633CT675CTTTTTTTTTTTTTT678TC717CT777GA918CT1126GT1398AG1601DGGGGGGGGGGGGGG注：EU欧洲；AF非洲；AS亚洲；ME中东Note:EUEurope;AFAfrica;ASAsia;MEMiddleEast图2基于CoxCox1基因的细粒棘球绦虫GG3基因型分子进化树Fig.2PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG3genotypebasedontheCoxCox1gene··40
中国血吸虫病防治杂志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.13细粒棘球绦虫GG4基因型3.1细粒棘球绦虫G4基因型Cox1基因序列分析目前，GenBank数据库中细粒棘球绦虫G4基因型不同Cox1基因序列共公布了5份，以GenBank登录号为KP161208的虫株Cox1基因序列为参照，共发现4处变异位点，全部为颠换，具体突变位点见表4。3.2细粒棘球绦虫G4基因型分子进化树以细粒棘球绦虫G1基因型作为外群，构建细粒棘球绦虫G4基因型遗传进化树见图3。由于目前GenBank数据库中公布的细粒棘球绦虫G4基因型Cox1基因序列较少，且虫株主要分布在非洲，因此代表性较差。从现有Cox1基因序列分析，欧洲及非洲地区细粒棘球绦虫G4基因型无区域聚集性，彼此间无生殖隔离趋势。4细粒棘球绦虫GG5基因型4.1细粒棘球绦虫G5基因型Cox1基因序列分析共收集了15个细粒棘球绦虫G5基因型Cox1基因序列，其中Cox1基因序列不同的虫株14株。以GenBank登录号为KY766908的虫株Cox1基因序列为参照，共发现突变位点11处，其中颠换位点10处、转换位点2处；第933号位点出现颠换和转换两种突变形式（表5）。各基因序列中，亚洲地区GenBank登录号为AB235846的虫株与北美洲GenBank登录号为KX010903的虫株Cox1基因序列相同；亚洲地区GenBank登录号为KY766908的虫株与非洲登录号KU743915的虫株Cox1基因序列相同。4.2细粒棘球绦虫G5基因型分子进化树以细粒棘球绦虫G6基因型作为外群，构建细粒棘球绦虫G5基因型进化树见图4。从进化树中可以看出各地区G5基因型虫株彼此之间进化关系?
【参考文献】：
期刊论文
[1]青海省多房棘球绦虫分子种系发生研究[J]. 朱文君,韩秀敏,蔡其刚,孙艳秋,郭亚民. 中国血吸虫病防治杂志. 2019(06)
[2]青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究[J]. 张学勇,简莹娜,李秀萍,韩秀敏,才旦卓玛,李福寿,马利青. 中国血吸虫病防治杂志. 2018(02)
[3]细粒棘球绦虫分型和分类研究进展[J]. 杨东,刘爱芹,赵威,张唯哲. 热带医学杂志. 2015(09)
硕士论文
[1]青海省两型棘球属绦虫分子种系发生的研究[D]. 朱文君.青海大学 2018
本文编号：3354005
【文章来源】：中国血吸虫病防治杂志. 2020,32(01)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
基于CoxCox1基因的细粒棘球绦虫GG1基因型分子进化树Fig.1PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG1genotypebasedontheCoxCox1gene注：ME中东；AF非洲；SA南美洲；AS亚洲；NA北美洲；EU欧洲；AU澳大利亚Note:MEMiddleEast;AFAfrica;SASouthAmerica;ASAsia;NANorthAmerica;EUEurope;AUAustralia
中国血吸虫病防治杂志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.1表3细粒棘球绦虫GG3基因型CoxCox1基因变异位点Table3ThemutationsiteoftheCoxCox1geneinEchinococcusgranulosusGG3genotype地理位置Geographicallocation亚洲Asia欧洲Europe非洲Africa中东MiddleEastG3基因型GenBank登录号GenBankaccessionnumberoftheG3genotypeKJ559023MG682542MG682512MG682529MG682532KY766900KY766897KX020358KX020351KX020350KU697314MG682544MG682515MG682539KY766894核苷酸变异位点Nucleotidevariationsite189CT299TC325AG402CT614CT633CT675CTTTTTTTTTTTTTT678TC717CT777GA918CT1126GT1398AG1601DGGGGGGGGGGGGGG注：EU欧洲；AF非洲；AS亚洲；ME中东Note:EUEurope;AFAfrica;ASAsia;MEMiddleEast图2基于CoxCox1基因的细粒棘球绦虫GG3基因型分子进化树Fig.2PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG3genotypebasedontheCoxCox1gene··40
中国血吸虫病防治杂志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.13细粒棘球绦虫GG4基因型3.1细粒棘球绦虫G4基因型Cox1基因序列分析目前，GenBank数据库中细粒棘球绦虫G4基因型不同Cox1基因序列共公布了5份，以GenBank登录号为KP161208的虫株Cox1基因序列为参照，共发现4处变异位点，全部为颠换，具体突变位点见表4。3.2细粒棘球绦虫G4基因型分子进化树以细粒棘球绦虫G1基因型作为外群，构建细粒棘球绦虫G4基因型遗传进化树见图3。由于目前GenBank数据库中公布的细粒棘球绦虫G4基因型Cox1基因序列较少，且虫株主要分布在非洲，因此代表性较差。从现有Cox1基因序列分析，欧洲及非洲地区细粒棘球绦虫G4基因型无区域聚集性，彼此间无生殖隔离趋势。4细粒棘球绦虫GG5基因型4.1细粒棘球绦虫G5基因型Cox1基因序列分析共收集了15个细粒棘球绦虫G5基因型Cox1基因序列，其中Cox1基因序列不同的虫株14株。以GenBank登录号为KY766908的虫株Cox1基因序列为参照，共发现突变位点11处，其中颠换位点10处、转换位点2处；第933号位点出现颠换和转换两种突变形式（表5）。各基因序列中，亚洲地区GenBank登录号为AB235846的虫株与北美洲GenBank登录号为KX010903的虫株Cox1基因序列相同；亚洲地区GenBank登录号为KY766908的虫株与非洲登录号KU743915的虫株Cox1基因序列相同。4.2细粒棘球绦虫G5基因型分子进化树以细粒棘球绦虫G6基因型作为外群，构建细粒棘球绦虫G5基因型进化树见图4。从进化树中可以看出各地区G5基因型虫株彼此之间进化关系?
【参考文献】：
期刊论文
[1]青海省多房棘球绦虫分子种系发生研究[J]. 朱文君,韩秀敏,蔡其刚,孙艳秋,郭亚民. 中国血吸虫病防治杂志. 2019(06)
[2]青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究[J]. 张学勇,简莹娜,李秀萍,韩秀敏,才旦卓玛,李福寿,马利青. 中国血吸虫病防治杂志. 2018(02)
[3]细粒棘球绦虫分型和分类研究进展[J]. 杨东,刘爱芹,赵威,张唯哲. 热带医学杂志. 2015(09)
硕士论文
[1]青海省两型棘球属绦虫分子种系发生的研究[D]. 朱文君.青海大学 2018
本文编号：3354005
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