白假丝酵母菌CA6184全基因组测序及分析

发布时间：2017-05-02 21:00

  本文关键词：白假丝酵母菌CA6184全基因组测序及分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：白假丝酵母菌(Candida albicans)是一种重要的条件致病性真菌,该菌广泛存在于自然界,也存在于人口腔,上呼吸道,肠道及阴道。当机体免疫功能受损时,可引起鹅口疮、阴道炎等疾病,是系统性真菌感染的主要病原体之一。近年来,随着大剂量的抗生素、激素、免疫抑制剂的使用及器官移植术的开展,系统性真菌感染发病率及耐药率也逐年增高,并可造成危及生命的严重后果。目前白假丝酵母菌的致病相关等机制尚不明确,治疗手段及预防技术发展缓慢。白假丝酵母菌已知的致病因子包括分泌蛋白、酯酶、粘附因子等,目前公布的两株白假丝酵母菌全基因组序列不能满足我们从全基因组水平解释白假丝酵母的致病特征及耐药机制。因此,为了更全面的研究白假丝酵母菌的遗传变异规律及致病因子,我们进行了中国第一株白假丝酵母菌的全基因组测序及分析。我们首先通过RAPD分型选择一株白假丝酵母菌临床分离株CA6184,通过扩增其18S r DNA并进行测序、对比,确定该分离株种属特性。其次验证了其对常用抗真菌药物的敏感性,发现其为常用抗真菌药物敏感株。由于白假丝酵母菌基因组存在许多重复序列,难以分离稳定的单倍体,我们结合第二代和第三代基因组测序技术,对分离的白假丝酵母菌CA6184进行了全基因组测序。CA6184基因组大小约为15.38Mb(megabase,Mb),GC含量为33.60%,Contig 50为833.4 Kb,测序深度最高达215×。我们完成了CA6184的编码基因的注释工作,对基因功能、基因本体论(Gene Ontology,GO)、信号通路等进行了注释,通过排除法分析了CA6184的理论分泌蛋白,并对理论分泌蛋白中的致病性可能相关基因做了归纳。利用比较基因组方法分析了白假丝酵母菌、酿酒酵母相关代谢基因,Pfam结构域、转录因子,并对CA6184及酿酒酵母共有蛋白和白假丝酵母菌特有蛋白进行了分析,发现共有蛋白2895个及CA6184特异蛋白408个,特异蛋白中具有较多的粘附蛋白及应激蛋白等。此外还对同种间3个白假丝酵母菌的共有蛋白和特异蛋白做了统计,分析了致病因子在CA6184中的分布。本研究结合二代和三代基因组测序技术,对白假丝酵母菌进行了全基因组测序,为进一步阐明白假丝酵母菌的致病机制及后续的转录组研究,打下坚实的基础。
【关键词】：白假丝酵母菌 全基因组测序 比较基因组学
【学位授予单位】：南昌大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R379.9
【目录】：

• 摘要3-5
• ABSTRACT5-9
• 英文缩略词表9-10
• 第1章 引言10-16
• 1.1 真菌基因组的研究现状10-14
• 1.1.1 白假丝酵母菌研究现状10-11
• 1.1.2 白假丝酵母菌基因组研究现状11-12
• 1.1.3 比较基因组研究现状12-13
• 1.1.4 测序技术研究现状13-14
• 1.2 本论文的研究意义14
• 1.3 本论文的研究内容14-16
• 第2章 材料与方法16-26
• 2.1 实验材料16-18
• 2.1.1 菌株16
• 2.1.2 实验试剂16
• 2.1.3 培养基的配制16-17
• 2.1.4 主要设备与仪器17-18
• 2.2 实验方法18-25
• 2.2.1 白假丝酵母菌药物敏感性测定18-19
• 2.2.2 RAPD分型方法19
• 2.2.3 用于RAPD分型白假丝酵母菌DNA快速抽提19-20
• 2.2.4 测序基因组DNA制备20
• 2.2.5 完整性及纯度验证20-21
• 2.2.6 文库的制备21
• 2.2.7 二代测序21
• 2.2.8 三代测序21-22
• 2.2.9 基因组组装概述22
• 2.2.10 基因预测22-23
• 2.2.11 GO注释与KEGG通路分析23
• 2.2.12 基因组序列染色体定位23
• 2.2.13 InDels及SNPs分析23-24
• 2.2.14 分泌蛋白的预测24
• 2.2.15 比较基因组分析24-25
• 2.3 生物信息学分析软件及数据库25-26
• 第3章 结果与讨论26-49
• 3.1 CA6184菌株基本情况26-28
• 3.1.1 CA6184为临床常用抗真菌药物敏感性菌株26-27
• 3.1.2 RAPD分型CA6184被分为I类27-28
• 3.2 CA6184测序结果28
• 3.3 CA6184组装结果28-32
• 3.4 CA6184基因组32
• 3.5 基因预测32
• 3.6 基因功能注释32-36
• 3.6.1 GO注释32-34
• 3.6.2 KEGG通路统计34-36
• 3.7 基因组序列染色体定位36
• 3.8 SNPs和InDels分析36-38
• 3.9 预测分泌蛋白分析38-41
• 3.10 比较基因组学分析41
• 3.11 结构域差异分析41-43
• 3.12 转录因子分析43-44
• 3.13 比较基因组分析CA6184与S288c共有蛋白44-46
• 3.14 白假丝酵母菌CA6184特有蛋白46-47
• 3.15 比较基因组分析白假丝酵母菌CA6184、SC5314及WO-147-49
• 3.15.1 CA6184特有蛋白功能分类统计48
• 3.15.2 致病因子分布统计48-49
• 第4章 结论与展望49-51
• 4.1 结论49
• 4.2 展望49-51
• 致谢51-52
• 参考文献52-55
• 附录55-59
• 攻读学位期间的研究成果59-60
• 综述60-63
• 参考文献62-63

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 高硕;赵玮;邱荣敏;林艳;;白假丝酵母菌分泌型天冬氨酸蛋白酶与重症婴幼儿龋的相关性[J];中华口腔医学研究杂志(电子版);2010年05期

2 周笑梅;宁玉梅;;单味中药抑制白假丝酵母菌作用的研究进展[J];中华中医药学刊;2011年03期

3 张琳;孙s，

本文编号：341645