福尔马林固定石蜡包埋样本全基因组文库构建流程优化

发布时间：2022-01-12 20:40

　　目的优化建立适合本实验室针对人源福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded,FFPE）样本的全基因组（Genomic DNA,gDNA）文库构建方案。方法探讨并设计了在FFPE全基因组文库构建各环节优化条件,分析比较FFPE DNA文库片段大小及文库转化率,以选择最优的文库构建流程。结果最终确定DNA起始量50 ng、20 min片段化酶切时间,采用4×稀释的接头进行20 min连接,经过2次特定比例的磁珠筛选方案进行文库构建,实现片段主峰在300 bp～400 bp左右,文库转化率达60%。结论本操作流程针对FFPE样本可以保证高质量的文库构建,同时实现较高文库转化效率。 

【文章来源】：中华临床实验室管理电子杂志. 2020,8(02)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

文库构建流程示意图

本实验测试采用酶切打断的方式进行FFPE片段化。我们首先针对连接产物片段化筛选的方案,实验设置同一标本(编号236,浓度6.8 ng/μL),50 ng起始量,按常规流程进行片段化酶切时间15 min、接头稀释倍数1×、连接时间20 min情况下,分4种不同片段筛选方案进行文库构建,通过2100检测观察片段化大小范围,以及通过计算文库实际得量来评估文库的转化率。本次测试基于连接产物PCR后对文库转化率进行评估,并定义起始量×0.75(片段化损耗)×0.75 n(筛选次数损耗)×1.9^8 cycle为本次测试的理论得量,实际得量为Qubit所测。(2)接头浓度优化

DNA浓度(质量)反映文库主峰及转化率关系

【参考文献】：
期刊论文
[1]甲醛固定石蜡包埋标本不同二代测序平台性能比较[J]. 姜瑞瑞,王亚健,滕晓东,肖林,步宏,叶丰.  中华病理学杂志. 2018 (08)
[2]靶向二代测序检测结直肠癌肠镜活检标本的可行性分析[J]. 王亚健,姜瑞瑞,刘海静,张波,叶丰,步宏.  中华病理学杂志. 2018 (07)



本文编号：3585428