中华按蚊雌、雄蚊转录组比较分析

发布时间：2022-02-12 08:51

　　【目的】对中华按蚊（Anopheles sinensis）雌、雄蚊的转录组测序数据进行差异表达分析,获得两者间差异表达基因,对它们进行功能富集分析,挖据这些基因的功能表现和参与的通路。【方法】基于已知中华按蚊雌、雄蚊转录组数据进行了RNA-Seq数据相关性检查,利用R语言DESeq包比较雌蚊和雄蚊中基因的差异表达情况,并用GOseq和KOBAS对筛选出来的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。【结果】Pearson相关系数的平方（R2）大于0.92,说明样本在3个生物学重复间具有高度相关性,可用于进一步分析;中华按蚊雌、雄蚊差异表达基因共3 298个,其中1 589个基因在雌蚊中表达上调,1 709个基因在雌蚊中表达下调;差异表达基因明显富集在酰胺生物合成、有机酸代谢、肽代谢过程等功能类别上,参与核糖体在真核生物中的生物发生、RNA转运等KEGG通路。【结论】上述结果对深入研究不同性别的中华按蚊基因表达及差异具有潜在价值。 

【文章来源】：重庆师范大学学报(自然科学版). 2020,37(03)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

样本生物重复相关性检验

中华按蚊雄蚊与雌蚊间差异表达基因的比较

中华按蚊雌、雄蚊的3 298个差异表达基因中，存在GO注释的有1 964个，共涉及3个类别：生物过程类、细胞组成类和分子功能类。差异表达基因显著富集在11个亚类，如：酰胺生物合成的过程、细胞酰胺代谢过程、肽生物合成的过程、羧酸代谢过程等（图3）。从图4可知：表达上调的1 589个基因中，存在GO注释的有1 017个。在生物过程一类中，差异表达基因显著富集在62个亚类，最显著富集的亚类有细胞氮化合物代谢过程、氮化合物代谢过程、肽生物合成的过程等；其中富集到代谢过程、细胞过程和有机物代谢过程的基因数目较其他类别的基因数目更多，分别有554,525和474个。在细胞组成一类中，差异表达基因显著富集在18个亚类，最显著富集的亚类有细胞、细胞内部、核蛋白复合体等；其中富集到细胞和细胞部分的基因数目均为325个。在分子功能一类中，差异表达基因显著富集在45个亚类，最显著富集的亚类如杂环化合物结合、核酸结合、ATP结合、RNA结合等；其中富集到杂环化合物结合的基因数目最多，有349个。而表达下调的1 709个基因中，存在GO注释的有947个，且没有显著富集的亚类。图4 上调差异表达基因的GO功能分类

【参考文献】：
硕士论文
[1]中华按蚊化感组织的转录组测序及化感基因的表达谱分析[D]. 张晶晶.重庆师范大学 2019



本文编号：3621418