日本血吸虫童虫miRNA高通量测序分析

发布时间：2022-12-10 02:05

　　目的高通量测序分析日本血吸虫童虫的微小RNA（microRNA,miRNA）,鉴定已知miRNA的表达水平,预测分析miRNA靶基因及其生物学功能。方法体外制备日本血吸虫童虫,提取童虫的总RNA构建文库进行Illumina高通量测序。采用DEGseq R语言包,结合perl脚本进行miRNA表达量的差异分析;分别利用miRanda、Blast软件和KEGG数据库对差异miRNA进行靶基因及其生物学功能预测。结果构建文库中,日本血吸虫童虫表达的miRNAs与最新miRBase数据库比对结果显示,共有38 483条匹配序列,鉴定到已知miRNA 60个;其中,sja-miR-125b表达量最高,其次为sja-miR-61、sja-miR-71a、sja-miR-36-3p和sja-miR-10-5p,上述5种miRNA表达量占总miRNA的91%（3 263/3 585）。共预测到靶基因7 176个,基因功能集中在核苷酸转移酶活性、细胞氮复合代谢、分子功能、生物学过程、生物合成、等离子体膜及蛋白质成熟;功能富集分析显示,高表达的miRNA主要参与致病过程、生物进展及多条代谢途径通路。结论日... 

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【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3715835